Во время альбигойских войн сочувствие арагонцев было скорее на стороне еретиков, чем католиков. Единственное преследование за это время было предпринято в 1215 г. архиепископом Таррагоны: он поручил изгнать еретиков из своей епархии монастыря Скала Деи. В документе от 1220 г. архиепископ восхваляет ревность приора и монахов и в награду дает им несколько аллодов. В 1226 г. король Иаков запретил еретикам въезд в свое государство. Другой указ, лишавший «общественного мира» еретиков, их защитников, сторонников и укрывателей, был издан в 1228 г. по настоянию доминиканца Раймунда де Пеннафорте, духовника молодого короля. Этот монах убедил короля просить Григория IX прислать инквизиторов, чтобы очистить страну от еретиков: булла от 26 мая 1232 г. архиепископу Эспараго де Барка и его представителям предписывает им произвести в своих епархиях розыск еретиков или лично, или при помощи доминиканцев. Все еретики, которых удастся обнаружить, должны быть наказаны согласно статутам, изданным папой и римским сенатором Аннибальдо. Но здесь еще нет и речи о папской или доминиканской инквизиции.
В 1233 г. король Иаков по настоянию прелатов издал в Таррагоне статут, согласно которому сеньоры за оказание покровительства еретикам в пределах своих владений подлежали ответственности за вероломство; земли их переходили к сюзерену, а если это были аллоды, то к самому королю. Жилища еретиков, если они были аллодиальные, подлежали уничтожению, а если они пользовались ими на ленном праве, подлежали переходу в руки сеньора. Всякий, признанный еретиком или заподозренный в ереси, лишался права избрания на общественные должности. Чтобы невинный не пострадал вместе с виновными, право наказания еретиков предоставлялось исключительно епископу. Епископам предлагалось в местностях, заподозренных в ереси, наделять своей властью священника или какое-либо духовное лицо. Король или его бальи должны были назначить двух или трех мирян для розыска еретиков, для предупреждения побега подсудимых и выдачи их в руки епископа, королевских чиновников или местного сеньора. На этом смешении духовных и светских принципов здесь зарождалась инквизиция, существенно отличавшаяся от образовавшейся в это время в Тулузе. В случае небрежного исполнения дела арагонским инквизиторам начала XII в., если они были лица духовного звания, грозило отнятие бенефиций, а если они были миряне,- штраф.
По просьбе нового архиепископа Гильена Монгриа 30 апреля 1235 г. папа Григорий IX послал ему кодекс всего инквизиционного делопроизводства.
По настоянию Григория инквизиторы-доминиканцы в 1237 г. впервые появляются в Арагоне: виконт Кастельбо, ленник Урхельского епископа в 1237 г. предоставил в своих землях полную свободу действий инквизиции. Кастельбо долго считалось гнездом катаров. В 1225 г. под покровительством прежнего сеньора данной местности совершенные еретики открыто проповедовали там свое учение. Инквизиторы разрушили два дома, вырыли и сожгли кости восемнадцати покойников, осужденных в качестве еретиков, увели до сорока пяти захваченных мужчин и женщин, осудили пятнадцать скрывшихся бегством и не вынесли никакого решения о нескольких других. Однако урхельскому епископу этого показалось мало, и он осудил и отлучил от Церкви давнего своего врага, графа де Фуа Рожера Бернара, как защитника еретиков; и только в 1240 г. благодаря вмешательству таррагонского архиепископа епископ дал ему прощение, но предварительно Рожер покорился, отрекся от ереси и дал присягу перенести всякую епитимью. В 1238 г. была основана в Арагоне инквизиция, и в апреле того же года Григорий IX писал францисканскому министру и доминиканскому приору Арагона о распространении ереси по всему королевству и о том, что еретики открыто нападают на Церковь, которую хотят подавить. Нищенствующим монахам было приказано энергично расследовать ересь и разыскивать еретиков, применяя опубликованные папою статуты и прибегая в случае надобности к светской власти. Григорий принимал подобные же меры и относительно Наварры, также наполненной еретиками. Он назначил туда инквизиторов – францисканского настоятеля из Памплоны и доминиканца.
После 1246 г. страна была присоединена к арагонской инквизиции. В Арагоне епископ Барселонский организовал инквизицию в своей епархии до 1241 г. В 1242 г. собор в Таррагоне, созванный архиепископом, опубликовал кодекс, определяющий отношение Церкви и еретиков и долго применявшийся не только в Испании, но и во Франции. Появление этого кодекса дало толчок к возобновлению преследования в Кастельбо, которое не было полностью очищено от еретиков в 1237 г. Еретики отравили особенно ненавистного уже с давнего времени инквизитора, брата Понса де Бланес или де Эспира. В ответ архиепископ Гильен Монгри собрал войско, осадил и взял замок, сжег огромное число еретиков, а остальных заключил пожизненно в тюрьму. В это же время была сделана попытка распространить инквизицию на все королевство. Приходских священников просили оказывать инквизиции всякую посильную помощь. В Урхеле еретиков жестоко преследовал доминиканский инквизитор Бернардо Травессера, которого они в конце концов убили. В 1248 г. Иннокентий послал епископу Лериды инструкции об отношении к еретикам его епархии, которые добровольно вернутся в лоно Церкви. В том же году доминиканский провинциал Испании и Раймунд де Пеннафорте получили право назначить инквизиторов. В 1254 г. король Иаков просил Иннокентия IV передать инквизицию одним доминиканцам. Выбор инквизиторов был поручен Иннокентием приорам Барселоны, Лериды, Перпиньяна и Эльна, каждый из них должен был действовать в пределах собственной епархии, если там не было инквизиторов, назначенных папой. Позднее Иннокентий предоставил выбор архиепископам Таррагоны и Нарбонны и обязал их оказывать содействие новым инквизиторам. Урхельский епископ Понс при содействии доминиканского инквизитора предпринял поход против вальденцев Пуйсерды и Берга.
В это время весь полуостров представлял одну доминиканскую провинцию. В 1262 г. Урбан IV окончательно предоставил право доминиканскому провинциалу назначать двух инквизиторов. Перед этим он обратился к инквизиторам Арагона с буллой, в которой определял их полномочия и делопроизводство; копия этой буллы была послана провинциалу доминиканцев. Когда генеральный капитул в Кельне в 1301 г. разделил провинцию на две части, то арагонцы были подчинены испанскому провинциалу, область которого охватывала только Кастилию, Леон и Португалию. Но арагонской инквизиции удалось отстоять свою независимость. В 1351 г. провинциал Арагона получил от Климента VI право назначать и увольнять инквизиторов в королевстве.
Тем не менее, несмотря на некоторые организационные неурядицы, инквизиторы все время действовали. Главным местом действия был Урхель. Инквизитор Педро де Кадрейта 11 января 1257 г. вынес окончательное решение относительно давнего врага епископа Урхельского покойного графа Рамона. Покойник был признан еретиком-рецидивистом, и был приговорен к вырытию костей; однако его вдова и сын сохранили свои владения. В 1269 г. Кадрейта осудил покойного Арнальдо, виконта Кастельбо, и его дочь Эрмессенду – жена еретика Рожера Бернара, графа де Фуа. Оба они умерли за тридцать лет перед этим. Кости осужденных были вырыты. Инквизиторы не ограничивались осуждением мертвых; один еретик был сожжен в 1263 г. Декретом от 1286 г. король Альфонс II приказывает всем своим представителям оказывать содействие инквизиторам.
Акты Таррагонского собора 1291 г. свидетельствуют, что арагонская инквизиция не отличалась особой активностью и не пользовалась особым уважением. Поэтому собор приказал наказывать еретиков и держать в страхе всех хулителей католической веры. Приходским священникам было приказано оказывать всякое содействие доминиканским инквизиторам, искореняющим ересь. Под влиянием этого собора Иаков II издал 22 апреля 1292 г. указ, по которому все королевские чиновники предоставлялись в распоряжение инквизиторов и все их расходы принимались на счет королевства.
В 1302 г. инквизитор совершил несколько аутодафе, на которых много еретиков было передано в руки светских властей. В 1304 г. на аутодафе все избежавшие костра были с одобрения короля Иакова изгнаны из королевства. В 1314 г. инквизиция открыла много еретиков, одни из них были сожжены, другие изгнаны. Но в 1325 г. с одобрения короля Иакова II кортесы (сословно-представительные собрания) запретили инквизиционное судопроизводство и пытку.
Тем не менее в 1344 г., когда изгнанные инквизитором из Тулузы вальденцы искали убежища за Пиренеями, Климент VI просил королей и прелатов Арагона и Наварры помочь инквизиции уничтожить беглецов.
Около 1356 г. инквизитором Арагона папа назначил Николая Эмерика, служившего более тридцати лет. Эмерик настаивал на неограниченных прерогативах и неотъемлемых привилегиях святого трибунала и признавал за еретиком только одно право выбора между подчинением и костром.
