Эмерик жалуется, что трудно находить средства для оплаты издержек инквизиции. Но короли Арагона не считали себя обязанными содержать святой трибунал; епископы старались уклоняться от выполнения лежавших на них обязанностей. Конфискации давали немного или совсем ничего, так как еретики были бедняки. Появилась было надежда на более богатую поживу в 1359 г., когда бежали в Арагон обратившиеся в христианство и снова отпавшие евреи графства Венессен; но Иннокентий IV послал к ним своего собственного инквизитора Бернара дю Пюи, которому король Петр IV предоставил полное право разыскивать и наказывать вероотступников.
В течение долгого служения Эмерика ересь в Арагоне стала редкостью. Иногда инквизитору удавалось найти несколько вальденцев, фратичелли, евреев-вероотступников или сарацин-ренегатов; время от времени он накладывал свою руку на какого-нибудь безобидного сумасшедшего, мания которого принимала религиозное направление, или на какого-нибудь тонкого казуиста, заблудившегося в догматическом богословии. Так, например, около 1360 г. в самом начале своей деятельности Эмерик сжег как еретика-рецидивиста некоего Николая Калабрийца, который упорно настаивал, что его учитель, Мартин Гонсальво де Куенка, был сыном Божиим, которому предназначено вечно жить, обратить мир и в день Страшного суда умолять за всех умерших, которых он выведет из ада.
В 1371 г. Эмерик, благодаря решению Григория IX, заставил молчать францисканца Педро Бонагету, учившего, что если освященная облатка (пресный хлебец для причастия) будет запачкана или как-то осквернена, то тело Христа вознесется на небо и облатка станет простым хлебом. Около этого же времени Эмерику доставило много неприятностей дело крестившегося и вступившего в доминиканский орден еврея, брата Рамона де Таррага, многочисленные философские сочинения которого сильно отзывались ересью. Эмерик два года держал его в тюрьме; затем папа Григорий велел немедленно произвести над ним суд, угрожая инквизитору в случае неповиновения строгим наказанием. Другого еврея, арестованного Эмериком по обвинению в колдовстве и призывании демонов, потребовала светская власть и держала его под арестом, пока папа не приказал выдать его инквизитору, который приговорил его к пожизненному тюремному заключению, предварительно силой заставив его принести отречение.
Еще в 1361 г. Эмерик заставил отречься некоего Бартоло Ханевизио из Майорки, который писал апокалиптические сочинения, сожженные публично. Эмерик учил, что всякий, оказавший помощь сарацинам, должен быть наказан как соумышленник ереси. Но это учение не было введено в практику святого трибунала. Преемником Эмерика после его отстранения от должности в 1386 г. был назначен его смертельный враг Бернардо Эрменгауди. В 1387 г., когда взошел на престол Иоанн I, Эмерик дважды был осужден и изгнан. Король отозвался о нем как о неизлечимом сумасшедшем, враге веры, вдохновляемом Сатаной и напитанном ядом безверия. Эмерик пытался преследовать благочестивого св. Винсента Феррерского за утверждение в одной из проповедей, что раскаяние Иуды Искариота было искренне и спасительно, что Иуда повесился, не будучи в состоянии из-за большой толпы подойти к Иисусу и испросить у него прощения, и получил на небе отпущение своего преступления. Педро де Луна, кардинал Арагона, взял Винсента под свое покровительство и сделал его своим духовником; избранный в 1394 г. в Авиньоне папой под именем Бенедикта XIII, Луна уничтожил все дело Феррера.
Преемник Эмерика Бернардо покарал многих еретиков и уничтожил многие ереси. Инквизитор около 1390 г. арестовал в Валенсии одного священника, который учил, что Христос имел тройственную натуру – божескую, духовную и человеческую; священник избежал костра публичным отречением от своих слов и отделался пожизненным тюремным заключением.
Майоркское королевство, основанное в 1262 г. Иаковом I Арагонским для своего младшего сына Иакова, заключало Балеарские острова, Руссильон и Сердан. Новое королевство потребовало особой инквизиции. Время, когда она была там основана, не известно; первым инквизитором Майорки был брат Рамон Дюрфор, упоминаемый в качестве свидетеля в хартии 1332 г. Он занимал этот пост до 1343 г. С этого времени инквизиторы следуют преемственно. Когда в 1348 г. Петр IV силой присоединил к Арагону соседние области, объединения трибуналов не произошло, хотя в 1351 г. Климент VI в бреве, адресованном доминиканскому провинциалу Арагона, заявляет, что разделение отнюдь не лишает его права назначать инквизиторов. В 1413 г. Бенедикт XIII, признаваемый еще папой в Арагоне, образовал два святых трибунала: графств Руссильона и Сердана и Балеарских островов. Эти два судилища время от времени зажигали костры, на которых сжигали главным образом евреев или сарацин, уличенных в вероотступничестве или колдовстве. В 1420 г. Мартин V по ходатайству короля и консулов Валенсии преобразовал эту провинцию в особый инквизиторский округ. Арагонский провинциал назначил на эту должность в 1433 г. инквизитора, который безжалостно преследовал уиклефистов. Его преемники после 1434 г. прославились уничтожением вальденцев.
Около 1440 г. было открыто много еретиков – вальденцев и уиклефистов – инквизиторами и Арагона, и Валенсии. Одним из еретиков позволили воссоединиться с Церковью, других сожгли, как упорствующих.
Николай V в 1447 г. отделил инквизицию Каталонии от арагонской, а в 1459 г. было произведено новое разделение: генерал-министр доминиканцев преобразовал в самостоятельный трибунал барселонскую епархию.
Фердинанд Католик, занявший уже в 1474 г., по праву своей супруги Изабеллы, трон Кастилии, принял в 1479 г. корону Арагона. Влияние Фердинанда много содействовало восстановлению могущества арагонской инквизиции. При Фердинанде инквизиция Арагона действовала под управлением доминиканца.
Королевство Кастилии и Леона, занимавшее большую часть Пиренейского полуострова, не знало тяжести средневековой инквизиции; это государство пользовалось большей независимостью от Рима, чем все остальные в ту эпоху. Частные затруднения, которые создавало присутствие в Кастилии большого числа покоренных евреев и мавров, скорее осложнялись, чем разрешались инквизицией. Объединение Арагона и Кастилии под владычеством Фердинанда и Изабеллы и завоевание Гренады позволило королевской чете серьезно приняться за дело водворения силой единства веры. До этой поры, несмотря на доминиканские легенды, в Кастилии на практике не было инквизиции.
Между тем даже в таком отдаленном городе, как Леон, катаризму удалось пустить корни. Один катар был сожжен около 1218 г. в том месте, где сваливались все нечистоты. Много катаров изгнал епископ Родриго, умерший в 1232 г.
Открыв в 1236 г. еретиков в Валенсии, Фердинанд III приказал опалить им лица, и эта мера заставила их одуматься и просить прощение. Король часто требовал от своих подданных доставки дров для наказания не раскаявшихся еретиков.
Кодексы Альфонса Мудрого, первый из которых был издан в 1255 г., а второй лет десять спустя, считаются с инквизицией, упорядочивая светским законом отношения между Церковью и светской властью. Ересь подсудна духовным судам, и всякий гражданин мог донести о еретике своему епископу или его викарию; если будет установлено, что обвиняемый верит иначе, чем учит Церковь, его нужно постараться склонить к обращению и простить его, если он вернется в лоно Церкви; если же он будет упорствовать в заблуждении, то его должно выдать светскому судье. Если обвиняемый придерживался еретических взглядов и исполнял еретические обряды, то подлежал сожжению; не соблюдавший еретических обрядов должен быть изгнан или заключен в тюрьму до тех пор, пока не вернется к истинной вере; всякий сочувствующий ереси, но еще не сделавшийся верующим еретиком подвергался в пользу государственной казны штрафу, а в случае несостоятельности его наказывали пятьюдесятью ударами плети; имущество умерших еретиками или казненных переходило к их прямым наследникам католикам, а за неимением таковых – к ближайшему родственнику; если же совсем не было родственников католиков, то имущество мирянина переходило в казну, а духовного лица – Церкви; а если Церковь не требовала в течение года подобного имущества, то оно переходило в казну. Дети, лишенные наследства за свое исповедание ереси, получали обратно свои части, если приносили отречение. Осужденный за ересь не имел права занимать общественной или государственной должности, получать по духовным завещаниям, оставлять завещания, вести торговлю, быть свидетелем в суде. Дом, где дано было убежище странствующему еретическому миссионеру, отдавался Церкви, если в нем жил сам хозяин, а если он был в аренде, то владелец подвергался штрафу в десять ливров золотом или публичному наказанию кнутом. Если знатный будет укрывать еретиков в своих землях или замках и будет упорствовать в этом после года отлучения, то его имение или замок должны быть отобраны для короля; а если виновным будет простой человек, то и личность его и его имение предоставляются в полное распоряжение суверена.