Существование ереси и епископской инквизиции, хорошо организованной и имевшей полный кодекс судопроизводства, засвидетельствовано сочинениями Давида Аугсбургского и Пассауского Анонима. Местом деятельности Анонима была огромная Пассауская епархия, охватывавшая Восточную Баварию и Северную Австрию. Однако здесь вальденская ересь была широко распространена, как и во всей Южной Германии, несмотря на преследование. Немецкие прелаты противились введению папской юрисдикции против ереси. Епископская же инквизиция была непостоянна и недейственна. Однако преследование шло своим чередом то в одном городе, то в другом; но местное и временное преследование не отличалось настойчивостью, необходимой для уничтожения ереси. Майнцский собор 1261 г. предал анафеме всех еретиков и приказал всем епископам уничтожить ересь в их епархиях, применил к личности и имуществу еретиков папские декреты и выработанные на предшествующем провинциальном соборе статуты.
В конце XIII и в начале XIV в. внимание католиков было привлечено некоторыми учениями, распространенными среди полумонашеских корпораций, которым долго покровительствовала Церковь. Это были общины бегинок и бегинов, бегардов, лоллардов, келлитов и т. д. Наиболее вероятно, что названия бегард и бегин происходят от древненемецкого слова beggan. что значит просить, нищенствовать, а название лоллардов – от слова lullen – бормотать молитвы. Общества лоллардов, или келлитов, были основаны в Антверпене около 1300 г. во время чумы мирянами, посвятившими себя уходу за больными и сумасшедшими, погребению мертвых; деньги лолларды добывали трудом и нищенством. Общества келлитов из Нидерландов распространились по рейнским провинциям и по всей Германии. Подобно бегардам, они становились жертвами преследования, но магистраты городов ценили их и оказывали им покровительство. В 1473 г. Карл Смелый получил от Сикста IV буллу, которая ставила их в число признанных монашеских орденов и избавляла от подсудности епископам. В 1506 г. Юлий II дал им особые привилегии.
Разные причины побуждали многих людей стремиться к монашеской жизни, не связанной, однако, обетами, отделявшими человека от обычной жизни. Особенно это стремление распространилось среди женщин, которые, оставшись без поддержки, искали защиты от опасностей, отовсюду грозивших в те времена, и покровительства у Церкви. Образовывались общины, сначала исключительно женские, члены которых давали обет сохранять целомудрие и послушание только до тех пор, пока находятся в общине, вносили на содержание общины свою часть трудом или прошением милостыни, исполняли религиозные требования и ухаживали за больными в больницах. Подобные общины впервые появились в Нидерландах уже в 1065 г. Урон, произведенный в мужском населении крестовыми походами, значительно увеличил число беззащитных женщин и дал новый толчок к развитию бегинства. Мужчины образовали подобные же общины, и вскоре ими были покрыты Германия, Франция и Италия.
Эти общины в XIII в. отвечали нравственным взглядам эпохи. Во Фландрии графы оказывали им поддержку. Григорий IX и его преемники им покровительствовали. Людовик Святой предоставил бегинам и бегинкам дома в Париже и в других городах и дал им крупные пожертвования. Поддержка вызвала быстрый рост числа этих общин. У них было множество последователей в Париже. В Кёльне и его окрестностях около 1240 г. их насчитывалось до двух тысяч; столько же было их в единственной бегинской общине в Брабанте.
Над монахами можно было установить известный надзор и предписать им известные правила; но нельзя было сделать того же в отношении членов этих свободных общин, которых не связывал обет, данный навеки. Серьезная опасность для Церкви заключалась в той легкости, с которой бегины и бегинки могли впасть в противоречия католичеству.
В ту эпоху в церковных кругах некоторые понимали, что бегины могут сделаться причиной серьезных опасностей. Между прочим в вину им ставили то, что они читали и объясняли Священное Писание на народном языке. В 1250 и в последующих годах кельнские бегины и бегинки часто жаловались папским легатам на притеснения духовенства и мирян. В 1259 г. Майнцский собор осудил «вредоносную секту» бегардов и бегинок. Всем священникам было приказано предложить этим бегардам и бегинкам изменить образ жизни и изгнать из приходов тех из них, кто проявит упорство. В 1267 г. Трирский собор запретил бегинам и бегинкам проповедовать ввиду того, что они распространяли ересь. В 1287 г. Льежский собор запретил тем, кто не жил в бегинских обшинах, иметь особую одежду и пользоваться привилегиями бегинов. Около этого же времени в Швабии некоторые члены общин бегардов и бегинов старались убедить своих собратьев, что им лучше служить Богу «в свободе духа»; тогда епископы начали разгонять эти общины, и многие из их членов просили дать им монастырский устав св. Августина. В это самое время ученики Ортлиба Страсбургского – Братья Свободного Духа стали выдавать себя за бегардов и бегинов и какое-то число истинных бегардов и бегинов приняло учение Амори. Число лоллардов, бегардов и бегинов, принявших это учение, было сравнительно невелико, но общины, где исповедовали самое чистое католичество, подвергались притеснениям только за то, что носили одно имя с виновными. Положение их еще более ухудшилось, когда Иоанн XXII начал преследовать ересь францисканцев-спиритуалов. Францисканские терциарии во Франции назывались обыкновенно бетонами; под этим названием стали известны и эти еретики-спиритуалы. Это смешение имело печальное влияние на участь добродетельных и правоверных бегинов: Церковь обычно распространяла осуждение на всех бегардов и бегинов, не различая их.
Основной принцип веры Братьев Свободного Духа был пантеистический: Бог – во всем, что существует. Все исходит от Бога, и все к Нему возвращается. Всякое внешнее поклонение бесполезно; это сразу уничтожало значение церковных обрядов и таинств. Человек содержит в себе все Божеские свойства; всякий может утверждать, что он создал вселенную; это было одним из обвинений, выставленных против магистра Эккарта. Человек может объединиться с Богом и делать все, что делает Бог; поэтому человек не нуждается в Боге и во всем, что он делает, нет никакого греха. В таком состоянии совершенства он ничем не огорчается, ничему не радуется; он свободен от всех обязанностей и от всякого долга. Никто не обязан работать из-за куска хлеба; все принадлежит всем вообще; всякий может брать все, что ему угодно для удовлетворения своих потребностей или своих желаний. Практические следствия этих учений были смертельны не только для Церкви, они были также опасны и для нравственного и общественного порядка. Ссылаясь на авторитет св. Павла, Братья Свободного Духа считали себя свободными от всех стеснений закона. Одной из ветвей этой секты считали и луцифериан: пантеизм неизбежно включал и сатану в число творений Бога. В 1321 г. в Кремаре, в Пассауской епархии, открыли несколько еретиков луцифериан; епископ, зальцбургский архиепископ и герцог Австрийский решили уничтожить эту ересь с помощью доминиканской инквизиции, которой удалось здесь удержаться; преследование продолжалось до 1315 г., но не привело к полному уничтожению ереси. Все, кого открыли, остались непреклонны и погибли на кострах.Это учение особенно сильно было распространено в Чехии и в Австрии; в 1338 г. и в 1395 г. многие из его приверженцев были сожжены.
Мистическое направление, нашедшее полное выражение в учении Братьев Свободного Духа, имело последствием то, что вера, оставшаяся по внешности католической, все более склонялась к ереси. Отцом мистиков являлся францисканец Бонавентура. Он был итальянцем и проповедовал в Парижском университете. В Германии мистическое направление религиозного чувства было самым крупным явлением в духовной жизни XIV в. В первую четверть столетия огромным авторитетом и уважением пользовался магистр Эккарт, занимавший видное место в доминиканском ордене. Однако на этого последователя мистики пало подозрение, что он разделяет заблуждение бегардов, тщетно старались братья-доминиканцы спасти его; кельнский архиепископ подчинил доминиканца своей епископской инквизиции. Взятые из учения Эккарта «двадцать восемь пунктов» были осуждены Иоанном XXII как еретические. Он допускал общую божественность человека и Бога, тождественность пред Богом порока и добродетели, отрицал значение внешних действий, придавал реальное значение только внутренним действиям души и утверждал, что не следует ни сожалеть о совершенном грехе, ни просить у Бога какой-либо милости. Для иерархии, основанной на священстве, такое учение было тяжкой ересью. Эккарт являлся родоначальником немецких мистиков, благодаря которым видоизмененные основные мысли Амори влияли на развитие религиозного духа в XIV и XV вв. Все вожди общества Людей Божьих следовали теориям Эккарта и имели духовное родство с Братьями Свободного Духа, хотя им и удалось остаться в границах католичества. Как ни был гуманен и мягок Иоанн Рисбрук, один из известных богослововмистиков Германии, однако он чувствовал к братьям Свободного Духа такой ужас, что считал их достойными костра, хотя его учение во многом схоже с учением Братьев. Ученик Рисбрука Герард Грот – основатель общины Братьев Общей Жизни одинаково строго относился к испорченности духовенства и к заблуждениям еретиков. Взгляды Грота были довольно сходны с взглядами Братьев Свободного Духа, и поэтому он с особой энергией стремился помешать их пропаганде. Монастырь августинских отшельников подозревался в том, что он заражен ересью Братьев Свободного Духа. Особенно подозревали в проповеди ереси авустинского монаха Бартоломея; Грот решил тайно проследить за ним и получил нужные улики. В Голландии (тогда часть Германской империи) не было инквизиции, и Грот около 1380 г. вызвал обвиняемого на суд утрехтского епископа. Бартоломей был оправдан. Эта снисходительность возмутила Грота; он добился возобновления преследования. На этот раз Бартоломей был обвинен как еретик, принес отречение и был приговорен к ношению крестов. Августинские монахи в ответ убедили городские власти Кампена возбудить преследование свидетельствовавших против Бартоломея. Они изгнали также на десять лет друга Грота Вернера Кейнкампа, бывшего впоследствии три раза приором общин Братьев Общей Жизни. Епископ запретил Гроту проповеди. Тогда Грот попытался получить от папы Урбана VI полномочия проповедника и инквизитора и послал в Рим десять флоринов в уплату за буллы. Но он умер в 1384 г. и Голландия спаслась от неограниченного могущества инквизиции.