На Констанцском соборе 1417 г. Герсон говорил, что члены секты флагеллантов доходили до отрицания таинства исповеди и покаяния, так как они восхваляли особую форму сердечного сокрушения, считая ее не только выше той формы покаяния, которая предписывается Церковью, но даже и мученичества, говоря, что они сами проливают свою кровь, а кровь мучеников была пролита другими. Эти идеи были близки к ереси. Когда булла, осуждавшая флагеллантов, была получена немецкими прелатами, то они решили строго применить папские предписания. Священники объявляли флагеллантов нечестивой сектой, осужденной Святым Престолом. Тем, кто смиренно вернется к вере Церкви, обещали прощение, а тем, кто будет упорствовать, грозили строгим применением канонов. Многие из этих еретиков были казнены или подверглись различным пыткам, многие были заключены в тюрьмы. На провинциальном соборе кельнский архиепископ отлучил от Церкви всех духовных, присоединившихся к флагеллантам. Весной 1353 г. этот прелат приказал всем деканам и ректорам собрать капитулы, прочесть его указ и принять меры к публичному и поименному отлучению от Церкви всех, кто не подчинится, виновные должны быть отрешены от должности. Лихорадка бичевания рассматривалась Церковью как настоящая ересь. К толпам флагеллантов, с момента первого их появления, во многих местностях приходили еретики, считавшиеся лоллардами, бегардами и келлитами. Охваченные общим преследованием, все они оказывали друг другу поддержку.
Около конца 1352 г., став папой, Иннокентий VI попытался ввести в Германии папскую инквизицию; с этой целью в июне 1353 г. он подтвердил инквизиторский мандат Иоганна Шанделанда и просил всех немецких прелатов оказывать ему действительную помощь. Вредное безумие бегардов, говорил он, снова проявилось, и нужно принять серьезные меры против этого зла; так как инквизиция не имела в епархиях своих тюрем, то прелатам было предложено предоставить в полное распоряжение святого трибунала епископские тюрьмы. Хроника сообщает, что Иоганн отличался энергией и имел успех. Однако ничто не свидетельствует о его содействии осуждению на костер бегардского ересиарха Бертольда фон Рорбака в 1356 г. Неуспех, который встретила попытка Иннокентия ввести свою инквизицию, сказывается в решении, принятом архиепископом на весеннем синоде в Кельне в 1357 г. Отмечая рост секты бегардов, грозящей заразить весь город и всю епархию, прелат совершенно не упоминает ни о папской инквизиции, ни о канонах. Он упоминает о мерах, принятых его предшественниками, и, согласно с ними, приказывает всем приходским священникам выступить против еретиков, грозя им, что в случае небрежности они сами будут преследуемы; он также грозит отлучением от Церкви всем, кто милостыней поддерживает существование бегардов.
Попытка введения папской инквизиции была возобновлена. В 1366 г. доминиканец Генрих Агро имел полномочие инквизитора на Майнцскую провинцию и епархию Бамберга и Базеля. Он вел деятельное расследование в Страсбургской епархии; но епископ не позволил ему действовать самостоятельно и придал ему своего викария, не только как епископского представителя для вынесения окончательного приговора, но и как настоящего помощника инквизитора. Жертвой инквизиторов была одна бегинка, которую судили около пятидесяти лет перед этим епископским судом и которая отреклась от ереси. Как еретичка-рецидивистка, она была сожжена.
В 1367 г. Урбан V назначил инквизиторами в Германию двух доминиканцев, уполномочив их выбрать себе викарных. Единственными еретиками, против которых им поручалось действовать, были бегарды. Прелатам и магистратам было приказано оказывать деятельную помощь инквизиторам и предоставить в их распоряжение все тюрьмы, пока германская инквизиция не будет иметь своих собственных. Уже в 1368 г. инквизицией был сожжен в Эрфурте один бегард.
Однако вначале духовные и светские князья Германии были мало расположены оказывать поддержку преследованиям. Но 9 и 10 июня 1360 г. император выпустил в Лукке два эдикта, которыми всем прелатам, князьям и магистратам было приказано преследовать и считать изгнанными из империи бегардов и бегинок. По требованию инквизиторов всякий, кто подаст милостыню членам запрещенной секты, должен быть арестован и наказан так, чтобы другим было страшно. Специальный пункт приказывал прелатам повиноваться всем указаниям инквизитора относительно ареста и тюремного заключения еретиков. Прелаты должны оказывать инквизиторам всякую помощь, принимать их и давать им стражу. Инквизиторам покровительствовал император. Все права, привилегии, вольности и неприкосновенности, предоставленные им предшествующими императорами или правителями отдельных провинций, сохранялись и подтверждались, несмотря ни на какой закон или обычаи, противоречащие им. Два герцога, два графа, два рыцаря были назначены охранителями и блюстителями, обязанными выступать всякий раз, когда инквизиторы обратятся к ним с жалобой. Они должны наблюдать за тем, чтобы треть конфискованного имущества еретиков, бегардов или бегинов поступала инквизиции; они должны преследовать всякого, кто будет препятствовать или вредить святому трибуналу, и должны поступать примерным образом как с личностью, так и с имуществом виновных. Всякое нарушение эдикта повлечет за собой штраф в сто марок, половина которого будет обращена в пользу фиска, а другая в пользу обиженных. Всякий, кто прямо или косвенно, тайно или явно будет мешать или вредить инквизиторам или их агентам, подлежит конфискации имущества в пользу императорской казны и лишению почестей, должностей, привилегий и неприкосновенности.
Недвижимое имущество бегардов должно быть отдано инквизиции, которая обратит его в тюрьмы; жилища бегинок будут проданы, а деньги, вырученные от продажи, будут разделены на три части, из которых одна назначалась на ремонт дорог и городских стен, а другая – инквизиторам на благотворительные цели, и особенно на содержание узников. Жертвам на приготовление к выселению из
домов было дано только три дня.
Благодаря покровительству императора папская инквизиция начала действовать; еретики (Братья Свободного Духа) были совершенно уничтожены в Магдебурге, Бре- мене, в Тюрингии, Гессене, Саксонии и других местах. В Магдебурге и Эрфурте инквизиция сожгла много еретиков, а других заставила или принять католичество, или бежать. В 1369 г. в Нордгаузене инквизитор арестовал сорок бегардов. Семеро из них упорствовали в своем заблуждении и были сожжены, остальные отреклись, и на них были наложены разные епитимьи. В 1372 г. Григорий XI заявил, что инквизиция уничтожила ересь и еретиков в центральных провинциях и что они переселились в пределы Брабанта, Голландии, Штеттина, Бреславля и Силезии; поэтому папа настоятельно предлагал прелатам и вельможам оказывать энергичное содействие усилиям святого трибунала. Папа довел число инквизиторов до пяти и предоставил право назначать и смещать их генералу и провинциалу доминиканцев или одному из них; ни император, ни епископ не имели права мешать свободному отправлению ими своих обязанностей.
Карл IV увеличил прерогативы инквизиции новой привилегией, которая оказалась первым симптомом событий будущего: инквизиторам предоставили право книжной цензуры и право назначать нотариусов для каждой епархии и замещать их в случае смерти или неспособности. После борьбы, тянувшейся с перерывами около ста пятидесяти лет, папская инквизиция была организована и введена в Германии окончательно и систематически. Святой трибунал находился почти исключительно в руках доминиканцев; францисканцы в качестве инквизиторов встречаются редко.
В 1372г. инквизиция судила еретика – гальберштадтского епископа Альберта. Этот прелат публично проповедовал учение, наносившее смертельный удар призыванию святых, заупокойным обедням и пожертвованиям в пользу духовенства. Григорий XI приказал инквизитору вместе с приором Эрфурта и с одним августинским монахом принудить епископа отречься, а в случае его отказа передать дело на суд папы. В начале 1373 г. папа назначил императорского капеллана-доминиканца инквизитором в Трирскую, Кельнскую и Люттихскую епархии, указав ему на бегинок и бегардов, как на главную добычу. Император Карл дал новому преследователю все привилегии, указанные в императорском рескрипте 1369 г., и приказал герцогам Люксембурга, Брабанта, Лимбурга и Юлиха, князьям Монса и Клеве и графам Марки, Кирхберга и Шпангейма действовать в качестве охранителей и блюстителей эдикта. Хотя деятельность инквизиции была главным образом направлена против Братьев Свободного Духа, не забывали и флагеллантов, которые в 1372 г. снова появились в различных местностях Германии. Григорий XI послал инквизиторам инструкции об истреблении этих еретиков. В 1373 и гг. это неукротимое стремление к покаянию выразилось в новой форме, которая впервые проявилась в Ахене при освящении церкви. Толпы, состоящие в большинстве из бедных и простых людей обоего пола из Рейнских провинций, наводнили Фландрию, танцуя и распевая, как бесноватые. На них долго смотрели как на одержимых бесом, но когда толпа этих плясунов собралась в Герестале уговориться об избиении всех каноников и духовных лиц Люттиха, то поняли, что это безумие совсем не безвредно. Оно распространилось на значительную часть Германии и держалось несколько лет. Хотя эта мания сама по себе не заключала ереси, но в некоторых местностях она вызвала еретическое отношение к таинствам, совершенным недостойными священниками.