Важным событием в жизни Шамиля и его родных стало принятие ими присяги на верность России и ее императору, которое состоялось 26 августа 1866 года в Калуге в зале Дворянского собрания. Вместе с имамом присягали и его сыновья Кази-Мухаммад и Шафи-Магомед. Присяга принималась по инициативе самого Шамиля, что может служить лучшим доказательством искренности его отношений с русским правительством.
По случаю празднования свадьбы наследника престола великого князя Александра Александровича (будущего императора Александра III) Шамиль в третий раз посетил Петербург. Там он встретился с князем Барятинским и вновь был принят императором. Барятинский ходатайствовал о разрешении семейству бывшего имама переселиться с Калуги в другое, более южное место. Разрешение было дано и в октябре 1869 года Шамиль с семейством переехал в Киев, где прожил менее полугода.
В начале 1870 года Шамиль получил разрешение совершить паломничество в Мекку. Он выехал туда со всем семейством, кроме двух старших сыновей. Шафи-Магомед находился на службе. Кази-Мухаммаду было разрешено проводить отца до Одессы, откуда он должен был вернуться в Киев. У русского правительства были основания до конца не доверять этому человеку, и время показало, что оно не ошибалось. Несмотря на присягу и долголетнее проживание в России, он оставался в душе ее ненавистником.
Шамиль благополучно достиг цели своего путешествия и из Медины прислал письмо великому князю Михаилу Николаевичу. Он писал:
Посещение Шамилем кадетского корпуса в Санкт-Петербурге
Кавказский конвой императора
«Вашему Императорскому Высочеству, желая величия и славы, аминь!
Затем докладываю Высокой Вашей особе что я, погруженный в море Ваших благодеяний, наслаждающийся на ковре Ваших милостей, прибыл в то место, посещение которого составляло предмет давнишнего моего желания. Я не могу отрицать Ваших милостей и не могу не благословлять и не прославлять Вас во веки веков. Но я ныне одержим различными недугами и с тех пор, как приехал в Медину, лежу в постели. Предвидится мой конец и вполне вероятно, что скоро покину сей мир и переселюсь на тот свет. Поэтому поспешаю послать Вашему Императорскому Высочеству это письмо и покорнейше прошу не лишать моего семейства и моих детей Вашего благосклонного внимания, Вашего высокого благоволения и Ваших благодеяний после смерти моей точно так же, как и сам я был удостоен Вами множества знаков подобного высокого благоволения, которое не забудется течением времени и веков.
Я, к невыразимой моей радости, узнал, что Вы позволили сыну моему, Кази-Мухаммаду, посетить меня, с выдачей ему пособия на дорогу. Я принял это известие, как благодать божью к пророку Иову, как рубаху Иосифа к ослепленным очам Иакова и ничем не могу оплатить Вам, как изъявлением душевной моей благодарности.
Последняя моя просьба к Вашему Императорскому Высочеству состоит в том, чтобы Вы повелели собрать всех членов моего семейства в одно место, если меня постигнет смерть, дабы они не уподоблялись стаду баранов, покинутых без пастуха в степи.
Больной и глубокий старец Шамиль.
Писано в священном городе Медине 2-го зикаде 1287 года».
Шамиль умер через 11 месяцев после отъезда из России в Медине 4 февраля 1871 года и был похоронен на местном кладбище Джаннат-Эм-баки. Зайдат пережила мужа всего на три месяца. Она умерла и была похоронена в Мекке. Шуанат умерла в 1878 году в Константинополе. Кази-Мухаммад не вернулся в Россию и остался с десятилетним братом в Турции, поступив на военную службу к султану.
Победы русских войск над Шамилем положительно отразились на обстановке в северо-западных районах Кавказа. Антироссийские выступления среди черкесских племен несколько ослабли. Их вожди постепенно начинали понимать неизбежность поражения и пытались заблаговременно обеспечить себе пути отступления. Все чаще лихие черкесские наездники стали появляться в лагерях российских войск, где среди офицеров обзаводились «кунаками». Были случаи ответных визитов россиян в черкесские аулы. Однако редкие случаи «братания» не могли решить главной задачи в регионе, где местный мюридизм уходил глубоко корнями в народные толщи.
Для наведения порядка в Черкесии в 1860 году была организована военная экспедиция под руководством генерала Евдокимова. В его распоряжение выделялось 60-тысячное войско, которое повело планомерное наступление на непокорные районы. Черкесы не смогли устоять перед такой силой. Наиболее агрессивная часть населения эмигрировала в Турцию, остальные, покорившись, были переселены в Прикубанские степи. По берегам реки Лабы решением Российского правительства поселились семьи Хоперского казачьего полка и 1763 русских крестьянских семей из внутренних районов империи.
В 1862 году усилия русской администрации на Кавказе были перенесены за реку Белую на территории непокорных абхазов. Войсковые отряды по нескольким направлениям двинулись к Пшехе, занимая аулы, строя дороги, возводя мосты и временные укрепления. Абхазы пытались сопротивляться маневренной обороной, но силы были неравны. Тогда, собравшись все вместе в долине Пшехе, горцы 16 июня дали генеральное сражение, которое было проиграно. Уцелевшие абхазы рассеялись по аулам и затаились до лучших времен.
Экспедиция в Абхазию была последней крупной операцией, спланированной и проведенной под руководством Барятинского на Кавказе. Вскоре после этого он по состоянию здоровья покинул Тифлис и вернулся в Петербург, где подал прошение об отставке. Умер генерал-фельдмаршал 25 февраля 1879 года в возрасте 64 лет, сохранив за собой неофициальный титул победителя Шамиля.
Антироссийское восстание, вспыхнувшее в 1863 году в Польше, получило отзвуки и на Западном Кавказе. Среди населявших его народов начали распространяться слухи о том, что, пользуясь нестабильностью внутреннего положения России, Турция готовится начать войну с целью возвращения Черноморского побережья Кавказа. Эти слухи были подкреплены поставкой крупных партий турецкого оружия, которое охотно разбиралось горцами. Их вооруженные отряды стали появляться на войсковых коммуникациях. Участились случаи нападений на посты и русские поселения.
Сложившаяся обстановка заставила Евдокимова действовать решительно. Собрав крупные силы в укреплении Хадыжи, он в сентябре 1863 года провел очередную войсковую операцию. Были заняты многие наиболее агрессивные аулы, их население разоружено, а вожаки арестованы и сосланы в Сибирь. Крутые меры быстро охладили воинственный пыл горцев. Они присмирели, многие селения добровольно сдали оружие. По приказу Евдокимова совместными усилиями войск и местного населения были возведены новые укрепления, проложены дороги. Российское правление обрело силу на всей территории Западного Кавказа.
Нормализация обстановки совпала с назначением наместником Кавказа брата императора, великого князя Михаила Николаевича. Вскоре после его прибытия в Тифлис русские войска 21 мая 1864 года, ведя частные бои с мелкими вооруженными группами горцев, вышли к ущелью Ахчипсу. Этот день был официально объявлен днем завершения Кавказской войны.
По случаю окончания войны в России и на самом Кавказе были организованы празднества. Все участники боев с черкесами и абхазами, от рядового до генерала, получили серебряные медали «За покорение Западного Кавказа. 1859–1864». Евдокимов был произведен в генералы от инфантерии и награжден орденом Св. Георгия 2-й степени. Последующие годы жизни он числился в свите наместника и безвыездно жил в Пятигорске. Там он умер и был похоронен в 1870 году.
Так завершилось официальное покорение Кавказа. Активная фаза войны с горцами продолжалась без малого сто лет. За это время российскому командованию удалось не только завоевать обширные территории в данном регионе, но и, что особенно важно, подавить сопротивление населявших их народов и ввести свое гражданское правление. Эти победы дались ценой больших жертв. По сохранившимся чудом данным, составленным штабом Кавказского военного округа в 1901-м, только за период с 1801 по 1864 год в боях с турками, персами и горцами русские войска потеряли более 34 тысяч человек убитыми и около 87 тысяч ранеными. Причем до 75 процентов этих потерь были понесены в сражениях с горцами, преимущественно с мюридами Северного Кавказа.
Русское правительство решило Кавказскую войну выделить особо. Для отличия всех солдат и офицеров «служивших когда-либо в рядах храброй Кавказской армии и участвовавших в военных действиях против непокорных горцев Кавказа» указом императора 12 июля 1864 года был учрежден специальный знак — «Кавказский крест». Сводом военных постановлений Кавказский крест был отнесен к разряду медалей, жалуемых за участие в войнах. Он изготавливался для офицеров из серебра, а для нижних чинов — из бронзы и крепился с помощью булавки на левой стороне груди ниже всех остальных наград. До конца XIX века Кавказский крест считался одной из самых почитаемых наград в российской армии.