Параллельно с контролем французов за литовским правительством действовало также военное управление армии Наполеона. Помимо того, в собственно гражданское управление постоянно вмешивались французские командиры и чиновники армейских частей, которые временно находились в населенных пунктах или проходили через них.
Все это вызывало недовольство литовцев и, собственно, когда военный французский генерал-губернатор граф Хогендорп стал председателем Временного правительства (24 августа), это продемонстрировало, что так называемое возрождение и самостоятельность Литовского княжества – всего лишь фарс. После этого А. Сапега заявил протест и подал в отставку. Историк Ю. Татищев писал о последствиях таких изменений: «Получился своеобразный вид государства, лишенного самого содержательного признака независимого бытия: в наличии были территория и народ, который там жил, но не было объединяющей его власти, хотя и имелись ее агенты».
Сложившаяся ситуация осложнялась и служебными перестановками в Комиссии. В частности, после снятия с должности А. Сапеги военный комитет возглавил генерал Стефан Грабовский, а во главе комитета финансов был поставлен К. Прозор. Комитет продовольствия возглавил Игнатий Тызенгауз. Военное время дополнительно усложнило социально-экономические условия работы Комиссии, ведь край был наводнен группами разбойников, отставших от войск. К тому же представители французской администрации плохо относились к членам местных органов управления, изымали денежные средства из казны и т. д.
Отдельно необходимо остановится на попытках поляков воссоздать Речь Посполитую в границах 1772 года. В частности, когда они окончательно осознали, что Литва не будет к ним присоединена (случилось это после визита их депутации к Наполеону), они начали действовать самостоятельно. В частности, Совет Генеральной конфедерации писал в Комиссию Временного правительства Литовского княжества следующее: «Общий неприятель разорвал исконные нити братства и нужно нам поднять надежду, что общий освободитель возвратит его и восстановит. Покажем ему, что захватчик только господствовал над землею, а сердца не переставали всегда быть верными Отечеству, которое находилось под его всеобъемлющей опекою, и, взявшись за руки, доверием, достоинством и общим к единственной цели усилием установим единство и драгоценное дело возрождения ее». Про общие цели говорилось также и в воззвании к жителям освобожденных уездов Литвы, к которым обращались таким образом: «Мужественные литвины, соотечественники наши».
В воззвании к Литве и западным губерниям конфедерация призывала: «Довершите вашим усердием, чтобы истосковавшаяся родина узрела всех истинных сынов своих, сплоченных одним духом, одной целью и едиными неразрывными узами. Общий враг расторгнул вечные союзы братства; мы должны надеяться, что общий избавитель возвратит и сплотит их… Дадим друг другу руку и решим – единомыслием, доверием, ревностью и общим стремлением к единой цели поддержать святое дело – возрождение отечества…» Это дало результат, и 14 июля Комиссия Временного правительства подписала акт присоединения к Генеральной конфедерации Княжества Варшавского (о нем упоминалось ранее). Председатель Комиссии Ю. Сераковский свою речь закончил словами: «Да здравствует объединение Литвы с короной!» Этот призыв повторили все присутствующие. В тексте акта также указывалось, чтобы «разъединенные страны Королевство Польское и ВКЛ объединены были бы вновь в единственное политическое тело и возвратились бы к давней своей Отчизне, ее свободам и владениям».
Постепенно присоединились к Генеральной конфедерации и западные губернии. Сначала Брест-Литовск, давая клятву «содействовать всеми доступными человеку силами и способами тем ее предначертаниям, которые касаются дела освобождения всех частей нашей древней земли от неприятельской власти, и в этом полагаем главную цель наших усилий». Затем присоединился совет гродненской конфедерации, «…ибо теперь разбиты позорные цепи, 18 лет давившие нас. Пора очнуться от тяжелого сна, в который мы были ввержены волей и тиранией насильника. Теперь настало время показать всему миру, что мы поляки, что мы еще не утратили того народного духа, которым гордились наши предки… С сегодняшнего дня мы стали нацией…»
Затем присоединились к конфедерации и другие города и провинции Северо-западного края: в Волковыске и Волковысском уезде, Минске, Слуцке, Бобруйском уезде, Пинском, Виленском, Игуменском и Борисовском уездах. Везде процесс принятия актов проходил следующим образом: зачитывался акт Варшавской (Генеральной) конфедерации, избирали делегатов на нее, подписывали акт. Текст по содержанию также был схож. Примером может служить акт присоединения к конфедерации Минской губернии: «Мы, граждане Королевства Польского и ВКЛ, что живём в его области, которая за времена неволи была названа Минской губернией, – знать, духовенство, мещане, крестьяне и всякого состояния люди перед Богом и всем обществам свидетельствуем, что освобожденные от ярма московской неволи и возвращенные к нашему отечеству, мы, как только разузнали об образовании конфедерации всего польского королевства, желая как можно крепче связаться сердцем и оружием с нашими братьями, соединяемся добровольно, единодушно и непринужденно через настоящий торжественный акт с конфедерациею Королевства Польского».
Анализируя данные действия с точки зрения норм международного права, следует опять указать, что подписанный в Кафедральном соборе в Вильно акт присоединения к Генеральной конфедерации Княжества Варшавского Комиссии Временного правительства Литовского (как и акты департаментов) не говорил об отказе от власти российского императора и о признании над собою власти саксонского герцога. Здесь нужно также говорить о намерении сохранить какую-то автономию после возможного возвращения российских властей в случае победы армии Российской империи. Для более полного понимания поведения слоев населения, которые остались на своих местах после оккупации французскими войсками, приведем следующую цитату из книги «Князь Адам Чарторыйский» русского писателя второй половины XIX в. И. Корнилова, в которой говорится об отношении Наполеона к полякам и наоборот. В частности, французский император говорил: «Дошло до того, что город Вильна мог выставить только двадцать поляков для почетной стражи при Наполеоне. Если бы поляки выказали тогда хотя сотую долю той энергии, какую они проявили в мятеже 1830–1831 годов, то, вероятно, они восстановили бы свою независимость и свободу. Но они не только не помогали французским войскам, но даже отказывали им в самом необходимом, и наши солдаты вынуждены были силой добывать у них продовольствие и фураж. Население, и в особенности помещики, скрывали от нас свои запасы, которые они однако выдавали немедленно своим угнетателям – русским, при первом их требовании. Это предпочтение, оказываемое врагам, крайне возмущало наших солдат». Даже учитывая некоторую тенденциозность слов русского писателя (исходя, прежде всего, из его патриотических побуждений), необходимо согласиться с отсутствием полной поддержки французов со стороны местного литовского или польского населения на оккупированных землях (мы говорим о поляках на бывших восточных границах Речи Посполитой, литовских поляках).
Одним из аспектов определенного «сопротивления» новой власти ВКЛ было ее стремление к объединению с Варшавской конфедерацией. В частности, 21 июля Комиссия Временного правительства Великого княжества Литовского объявила обращение к жителям Белой Руси, которое призывало их к присоединению к совместной конфедерации: «Кровью с Вами соединенные, всегда единственным считались народом, несмотря на изменения границ в политических условиях… Скоро уже увидим Вас в святыни прав, заседающих в стульях сената… Сызнова несут Вам хоругви Ходкевичи, Радзивиллы, Сапеги, Сангушки, объедините Ваше с Нашим, и скоро захлопнем ворота наших земель неприятелю навсегда. Видите успехи Непобедимого, уста которого произнесли, что живет Польша».
Позже, осознав массовость поддержки французов со стороны местного населения, император Александр, в день своего рождения 24 декабря, объявил о всеобщей амнистии в Литве. По сути, она относилась к тем, кто сотрудничал с наполеоновской армией и принимал участие в управлении регионами после отступления российской армии. Также такая позиция была обусловлена низким процентом собственно русского населения в этих регионах. Иначе обстояло дело на других территориях (на запад от Балтии): следствие и суд по делу «о бывших в разных должностях у неприятеля чиновниках» продолжалось до 30 августа 1814 г. К этому времени многие из лиц, находящихся под следствием, либо умерли, либо покончили жизнь самоубийством.
