29 апреля отряд Черняева подошел к крепости Ниязбек, в 25 верстах от Ташкента. Комендант не захотел сдаться. Русские войска взяли крепость штурмом. Кокандский отряд, примерно три тысячи человек, был разбит на подступах к крепости. Саперы по приказу Черняева закрыли доступ воды из реки Чирчик к Ташкенту. 9 мая под Ташкентом русские войска разбили армию под командованием муллы Алимкула, сам он был смертельно ранен. При этом в городе верх взяли сторонники объединения Ташкента с Бухарой. На этом фоне началась осада. Сил для нее, конечно, было недостаточно, и генерал решил не затягивать подготовку.
14 июня с наступлением ночи штурмовые группы выдвинулись к городским воротам, обернув колеса орудий войлоком. В половине третьего ночи первые солдаты первой штурмовой колонны сняли с верблюдов штурмовые лестницы и на руках понесли их через окружавшие город сады. Небольшая цепь стрелков, шедшая головным дозором, подкралась к самой стене, мимо спавшего неприятельского караула. Часовой, увидев русских, бежал через лазейку в стене, завешанную крашеным войлоком. Разведчики прошли внутрь города и взяли ворота с тыла, а другая часть отряда забралась на стены по лестницам. Завладев одними воротами, русские пробились к следующим, чтобы открыть их и впустить другие штурмовые отряды. После этого русские колонны двинулись к центру города, по дороге штурмуя баррикады и отбивая атаки стрелков, засевших в зданиях. К восьми утра была занята главная крепость Ташкента, причем одну из групп солдат в боях вел за собой полковой священник отец Андрей Малов, в будущем первый настоятель Ташкентского военного Спасо-Преображенского собора.
Одновременно с этим часть русских отрядов все еще штурмовала городские стены, конница кокандцев попыталась смять русских, атаку отбили 39 казаков при четырех орудиях. Днем бои стихли, к вечеру отбитые было улицы пришлось занимать вторично, на них снова выросли баррикады. Бои шли еще следующий день, 16 июня, а 17-го утром все аксакалы и почетные жители города, явившись к генералу Черняеву, изъявили полную готовность подчиниться русскому правительству. Ташкент был покорен.
Интересно повел себя бухарский эмир. Он потребовал от Черняева немедленно освободить город, в ответ русский генерал — он все же был человеком предельно прямолинейным — арестовал всех бухарских подданных, торговавших в городах Туркестанской области. Эмир был вынужден отступиться.
А в Ташкенте от имени Черняева провозгласили неприкосновенность веры и обычаев местных жителей. Генерал пообещал не размещать солдат на постой в домах, не призывать местных жителей в русскую армию. Был сохранен шариатский суд, запрещались произвольные поборы, на годичный срок ташкентцы освобождались от каких-либо податей и налогов. Тут, правда, стоит добавить, что щедрость генерала вышла ему и российской казне боком: на нужды своей администрации он был вынужден занимать деньги у частных лиц. Его долг составил 300 тысяч рублей.
Взятие самого большого города Средней Азии, конечно, получило широкий отклик как в России, так и за границей. Горчаков был в ярости, требовал судить Черняева. Император на донесении о взятии Ташкента написал: «Славное дело!» А вскоре Милютин отправил телеграмму в Оренбург: «Государь Император, прочитав донесение № 2306 о взятии Ташкента, пожаловал генералу Черняеву золотую саблю с бриллиантами, начальникам повелел объявить благоволение, а нижним чинам выдать по два рубля, а не по одному, как сказано в телеграмме № 4; о награждении всех отличившихся ожидается представление».
И это правда была большая русская победа. Авторитет России как в Азии, так и в мире заметно вырос. Стало ясно, что Петербург не будет всякий раз реагировать на возмущение Лондона, а будет поступать по-своему. Это на самом деле было событие, сравнимое, например, с операцией Воздушно-космических сил в Сирии в 2015–2016 годах. В Англии, понятное дело, были возмущены. 19 июня британский посол сэр Эндрю Бьюкенен потребовал у Горчакова объяснений: что это такое в Азии творится, если вы обещали Ташкента не трогать?
Горчаков мягко объяснил, что так вышло ну практически само. В городе возник вакуум власти, и русский генерал был просто вынужден предотвратить его оккупацию бухарскими войсками. А Ташкент останется независимым, потому что его не собираются включать в состав империи. А еще посол потребовал в ультимативной форме (!), чтобы царь не смел награждать генерала-ослушника. Когда Александр II узнал о требовании посла, Михаил Черняев, конечно, получил и награду, и чин, и теплые личные поздравления.
Но вот в чем Горчаков почти не лукавил, так это в том, что в Петербурге и правда не понимали до конца, что делать дальше с Ташкентом. Брать на себя новую нагрузку, финансовую и политическую, не очень хотелось. Еще меньше хотелось выглядеть глупо, уйти из Ташкента и отдать его обратно Коканду или Бухаре. Такое рациональное, казалось бы, поведение в Азии было бы воспринято как слабость русских. В сентябре 1865 года в Ташкент прибыл оренбургский генерал-губернатор Николай Андреевич Крыжановский. Его встретили представители знати, духовенства и богатого купечества, которые попросили принять Ташкент в русское подданство. Но Крыжановский сказал, что это желание пока что не может быть исполнено, город должен образовать отдельное владение под покровительством России. А жителям стоит избрать себе хана.
Собственно это был план российского МИД. Объявить город Ташкент независимым владением. Но оставить его в вассальной зависимости от России, правда, неофициально. Иначе можно разозлить Лондон, который, в общем-то, и так уже разозлился. Военные понимали: такое можно реализовать только в одном случае — если в городе или рядом будут стоять русские войска. Горчаков же писал, что «при желаемых отношениях к нам Ташкентской независимой области поддержка ей с нашей стороны должна заключаться не в содержании военных сил внутри нее, не в материальной, так сказать, поддержке, а в нравственной, заключающейся в убеждении, что в случае какой-либо попытки на Ташкент права этого города будут защищены и что нарушение их не останется без наказания».
Но в Азии европейскую дипломатию не понимали и рассматривали ситуацию просто — чьи войска стоят в городе, тому город и принадлежит. Кто сильнее, тот и главнее. Так что военный министр Милютин вполне обоснованно писал, что «пока не будет установлено в том крае какое-либо прочное положение, которое давало бы вес нашему нравственному влиянию, до тех пор мы должны, по необходимости, опираться только на силу материальную. Решившись иметь в нашей власти плавание по всему протяжению Сырдарьи, нельзя ограничивать генерал-майора Черняева устройством только складочных пунктов. Следует разрешить ему строить укрепленные посты, так как без серьезных мер защиты немыслимо и обеспеченное судоходство по Сыру…».
Что же касается возмущения Лондона, то российских военных оно скорее радовало, чем тревожило. Тот же Милютин замечал, что «нам нет нужды просить прощения у министров Британской Короны за каждое наше свершение. Они отнюдь не торопятся совещаться с нами, когда завоевывают целые королевства, оккупируют иностранные города и острова. Мы же не просим, чтобы они оправдывались в своих действиях».
Фактически Российская империя делала то, что еще в 1858 году предлагал Николай Игнатьев. Шла в Азию, забирала Ташкент и ставила военные базы. Причем когда-то предложения Игнатьева действовать в Азии, взяв Бухару в союзники, в столице отвергли, заявив, что эмир — союзник ненадежный. И, кстати сказать, были не настолько уж не правы. Когда Ташкент оказался как бы «ничейным», а фактически уже русским, эмир решил этим воспользоваться. Он вообще продвижение русских воспринял предельно болезненно, что объяснимо. Потому что он просто не мог понять, что для двух держав, схватившихся в борьбе на выживание, азиатские государства были не субъектами, а объектами политики.
Впрочем, есть косвенный признак того, что эмира подтолкнули к войне англичане. И даже приняли в ней небольшое участие. Эмир решил все же вернуть Ташкент не угрозами, так силой оружия. Весной 1866 года он собрал армию более 40 тысяч бойцов и выдвинулся к русским границам. Генерал Черняев в свою очередь решил не ждать, пока противник нанесет удар, и отправил к Бухаре отряд генерала Дмитрия Романовского — 3000 бойцов при 20 орудиях. Это была невероятная, быстрая и победная кампания. 8 мая Романовский разбил бухарские войска при Ирджаре, 24 мая взял Ходжент, 20 июля приступом взял Ура-Тюбе, 18 октября в ходе внезапного и жестокого штурма он взял крепость Джизак. В трех этих штурмах русские войска потеряли почти пятьсот человек, то есть шестую часть личного состава. Причем штурм Джизака был особенно яростным и жестоким. И как раз там русские получили косвенные подтверждения присутствия англичан, их военных советников, в Коканде и Бухаре.