Террористическая деятельность ХАМАС была направлена не только против израильских военных и гражданских объектов, но и против мирного израильского населения и палестинцев, подозреваемых в симпатиях к правительству Израиля. Только в 1987 году организация признала за собой совершение 46 убийств палестинцев. При этом израильтяне утверждают, что список жертв больше, по крайней мере, в два раза.
В 1989 году Ясин был снова арестован и приговорен к пожизненному заключению за организацию похищения и убийства двух израильских солдат. Но, даже будучи в тюрьме, он продолжал поддерживать связь с руководством ХАМАС не только на Западном берегу Иордана и в секторе Газа, но и с филиалами в Иране и Судане. Связь осуществлялась через посетителей.
И если до ареста шейх Ясин уже был достаточно известен не только в секторе Газа, но и во всем мире, то находясь в тюрьме, в глазах его последователей и сочувствующих он постепенно превращался в великомученика. Теперь он стал самым популярным человеком в Палестине. Это не могло не беспокоить израильтян. Но убийство его было невозможным – это вызвало бы массовые беспорядки и новую волну террора в регионе. А выпустить Ясина на свободу они не решались.
Но в 1997 году, после восьми лет заключения в израильской тюрьме, узник был освобожден. Решающую роль в этом сыграл провал операции израильской разведки по ликвидации экстремиста Халеда Машааля. Агенты Моссада были захвачены палестинцами. Израильтянам пришлось обменять Ясина на своих людей.
Сразу же после освобождения в июле 1997 года Ахмеда Ясина депортировали в Иорданию. Оттуда он перебрался на территорию Временной палестинской автономии, а в начале марта следующего года выехал из страны. За четыре месяца он побывал в странах Персидского залива, Саудовской Аравии, Сирии, Судане и Иране. Целью посещения этих арабских государств было привлечение новых последователей ХАМАС и поиски новых путей финансирования. По некоторым сведениям, годовой бюджет ХАМАС составлял около 30 млн долларов, третья часть которых поступала из стран Западной Европы и Северной Америки.
Собрав за время своего турне около 300 млн долларов, шейх Ясин вернулся в сектор Газа. Это событие стало общенародным праздником, дом Ясина в Сабре стал местом паломничества десятков тысяч палестинцев. Засвидетельствовать свое почтение пришел даже председатель совета Палестинской автономии Ясир Арафат со своей супругой Сухой.
В это время возрастает напряжение в палестино-израильских отношениях и, как следствие, увеличивается волна террора. Только за 2000–2001 годы в терактах погибло более тысячи человек с обеих сторон. Власти Израиля начали кампанию по обезвреживанию движения ХАМАС. В октябре 2001 года перед зданием больницы в Наблусе израильскими агентами была взорвана машина с Айманом Халави – одним из лидеров движения исламского сопротивления, руководителем «Батальонов Изз ад-Дина аль-Кассама». В конце того же месяца ХАМАС объявил, что организацией налажено производство собственных ракет малой дальности «Кассам-1». Муса Абу Марзук, один из лидеров ХАМАС, заявил: «Израильтяне убивают людей и уничтожают палестинские дома при помощи танков. Было уничтожено семьдесят три дома, а люди не могли этому сопротивляться. Неужели оружие могут применять только израильтяне, но не палестинцы?». Теперь война принимала совсем другие масштабы.
В ноябре 2001 года ряды ХАМАС понесли еще несколько потерь. В собственном доме в Шиджайае израильскими силами безопасности был арестован Абед Раббо Абу Хусса, руководитель местного отделения террористической организации. Спустя несколько дней в результате обстрела израильской авиации погиб еще один из лидеров ХАМАС Махмуд Абу Хануд вместе с двумя своими заместителями. Собравшиеся на похороны палестинцы были настроены крайне враждебно по отношению к израильтянам, а ХАМАС объявил о мести. 28 ноября 22-летний боевик Усама Халас близ поселения Гош-Катиф бросил в израильский автобус несколько ручных гранат, а затем расстрелял его из автомата. Погиб один пассажир, трое были ранены. Затем последовало еще несколько терактов, жертвами которых стали около 30 человек. 2 декабря 2001 года израильские спецслужбы арестовали Сахера Сулеймана, готовившего в Тель-Авиве покушение на жизнь министра обороны страны Беньямина Бен-Элиэзера. Затем последовала волна арестов высокопоставленных лидеров и рядовых членов ХАМАС.
Ясир Арафат отдал приказ арестовать лидера ХАМАС шейха Ясина. 5 декабря 2001 года Ахмеда Ясина взяли под домашний арест. Его дом был окружен палестинскими полицейскими, а ему самому запретили любые контакты с внешним миром. Узнав об этом, несколько тысяч возмущенных последователей шейха во главе с вооруженными боевиками ХАМАС попытались вызволить его. Толпа забросала полицейских камнями, затем началась перестрелка. Но все-таки победу одержали люди Арафата, вооруженные автоматами.
Ответом на арест Ясина и еще 130 деятелей ХАМАС стало заявление оставшихся на свободе активистов, в котором они потребовали от Арафата перестать подчиняться «сионистским правилам и действовать в стиле израильских спецслужб». Они пригрозили руководству Палестинской национальной администрации, что будут осуществлять теракты, если их духовного лидера не освободят и если не прекратятся аресты лидеров организации. Руководство движения отдало распоряжение своим членам не подчиняться приказам палестинских властей и, во избежание новых арестов, перейти на нелегальное положение. Угроза была выполнена. 13 декабря боевики ХАМАС обстреляли автобус с израильтянами, в результате чего погибли 10 человек и около 20 были ранены. В ответ израильская авиация нанесла удар по Наблусу. Две бомбы разорвались вблизи мечети, в которой в тот момент находились Ахмед Ясин и политический лидер группировки Махмуд Захар.
В конфликт вмешались США. Еще в октябре 2001 года было опубликовано заявление пресс-секретаря государственного департамента США Ричарда Баучера, в котором он объявил о решении Белого дома включить в список международных террористических организаций ХАМАС наряду с группировками «Хезбаллах» и «Исламский джихад». Президент США Джордж Буш потребовал от Ясира Арафата ликвидировать экстремистов и «передать убийц в руки правосудия»: «Если Арафат действительно желает мира на Ближнем Востоке, то он должен употребить власть и использовать свои силы безопасности, чтобы ликвидировать террористов».
Тем не менее, уничтожить террористическую организацию Я. Арафату не удалось. ХАМАС был чрезвычайно популярен среди палестинцев – сторонников движения насчитывалось уже несколько сотен тысяч. Ведь помимо террористической деятельности, направленной против израильтян, организация создавала и содержала разнообразные благотворительные фонды для помощи бедным слоям населения, помогала семьям погибших, раздавая продукты питания и медикаменты. О популярности движения и его лидера свидетельствует один факт. В декабре 2001 года в Палестине был издан календарь с изображением шейха Ахмада Ясина и 26-ти шахидов, погибших при проведении терактов в Израиле. Несмотря на бедность общей массы населения и на высокую цену в 80 долларов, календарь мгновенно раскупили.