Троцкий направляет в Совет обороны России специальную записку, в которой, указывая на опасность десанта Антанты на юге Украины, предположил, что силы Антанты в Причерноморье могут достичь 150 тысяч бойцов и стать главной, враждебной большевикам, силой. Он намечал несколько выходов из ситуации. Первый — соглашение с петлюровцами и объявление захвата Харькова провокацией. Но Троцкий указывал, что Петлюра — слабый и ненадежный союзник, поэтому, по мнению Троцкого, желателен второй план — война против УНР, чтобы «…отодвинуть наш возможный украинско-антантовский фронт на юг, подальше от Москвы… установление нашей линии по левому берегу Днепра и разрушение всех путей и мостов на правом берегу…», считая, что «…овладев железными дорогами, англо-французские войска могут в несколько недель дойти до Днепра, и тогда они нам навяжут невыгодную для нас оборонительную линию». 4 января 1919 года на заседании РВСР было принято решение о создании Украинского фронта во главе с Антоновым-Овсеенко и рассмотрен план Троцкого. Но Сталин и Пятаков требовали отстранить Антонова-Овсеенко от командования и назначить командующим своего сторонника Ворошилова или Рухимовича, причем Пятаков даже пошел на подлог, опубликовав в газетах постановление правительства о назначении Рухимовича главкомом, а Ворошилова — членом Военного совета Украинского фронта.
16 января 1919 года произошли серьезные изменения В элите Советской Украины. На заседании украинского правительства «левый» Г. Пятаков был отстранен от руководства Советской Украиной и заменен «правым» Ф. Сергеевым (Артемом). «Правые» попытались заменить и Антонова-Овсеенко на М. Рухимовича. Однако Москва не стала разбираться, кто лучше, «правые» или «левые», прислав в Украину своего ставленника Христиана Раковского, который уже 24 января 1919 года был избран руководителем правительства Украины, а Антонов-Овсеенко сохранил свою должность…
После получения сведений о падении Харькова Винниченко экстренно созвал совещание всех представителей правительственных партий, на котором было решено в обмен на мир пообещать Москве свободу деятельности большевистской партии в УНР, отказ Директории от переговоров с Антантой, союз армии УНР с Красной Армией в борьбе против белогвардейцев… В тот же день была отослана в Москву новая, уже третья нота и тайные обещания. Но и на эту ноту не пришло своевременного ответа… Только 6 января 1919 года Директория получила ответ из Москвы, однако он не решал никаких проблем. Из Москвы сообщали о том, что войска Советской России вообще не воюют против УНР и советских российских войск (Красной Армии) в Украине нет. Авторы телеграммы утверждали, что военные действия против УНР проводят только повстанческие части, которые подчиняются советскому правительству Украины. В этот же день Винниченко, полностью дезориентированный ответом из Москвы, созвал 6-й съезд УСДРП (правящей партии), на котором главным стал вопрос об отношении к войне. Всех присутствующих на съезде тогда поразило неожиданное выступление Винниченко, который круто изменил свои прежние взгляды и резко выступил против «советофильства».
После смелого решения съезда УСДРП по вопросу о войне Директория отважилась на ультиматум ленинскому СНК (от 9 января). В нем доказывался факт нападения на УНР, а СНК Советской России предлагалось в течение 48 часов честно ответить, «идет война или нет», согласится или нет Советская Россия прекратить военные операции, вывести свои войска с территории УНР и начать мирные переговоры. Директория угрожала, что если до 12 января 1919 года она не получит положительного ответа на этот ультиматум, то будет считать подобное молчание объявлением войны. Под этим решением подписались все члены Директории…
На следующий день Чичерин (нарком иностранных дел РСФСР) прислал ответ на ультиматум, вновь утверждая, что частей Советской России в Украине нет, а против Директории ведут борьбу восставшие украинские рабочие и крестьяне. Чичерин требовал прекратить всякие переговоры с Антантой, коренным образом изменить политику Директории. Вместе с тем Чичерин заявил, что ленинское правительство готово к мирным переговорам. Хватаясь за эту соломинку, Директория отправила в Москву мирную делегацию (выехала из Киева сразу же по получению ответа Чичерина). Но в Москву делегация добралась только к 15 января, а к переговорам была допущена еще через два дня. Переговоры начались слишком поздно, затягивались, и чувствовалось, что главная задача красных дипломатов заключается в том, чтобы завуалировать вторжение Красной Армии и столкнуть Директорию с Антантой.
Уже 10 января 1919 года командующий Левобережным фронтом Болбочан докладывал в штаб Петлюры о военной катастрофе главной силы на пути красных — Запорожского корпуса, о сдаче Люботина и отходе корпуса на Полтаву и Лозовую (4-й полк запорожцев отступил на станцию Лозовая, в боях за которую был разбит махновскими отрядами). Болбочан избегал решительного боя с Красной Армией и отдавал противнику уезд за уездом, требуя, вместе с тем, от Директории немедленно заключить военный союз с белоказаками и белогвардейцами. Отдельные военные стычки произошли в районах Ахтырки, Богодухова, Изюма, Змиева, станции Мерчик. Петлюра пытался «выпрямить» фронт, посылая на Левобережье свежие полки из новобранцев, которые были плохо организованы и распадались еще в походе, а остатки этих полков Болбочан приказывал разоружать по причине их «большевистского разложения». Во владениях Болбочана практически перестали действовать законы Директории, установилась военная диктатура командующего. Болбочан настроил против себя большинство украинских эсеров, эсдеков, боротьбистов, против него выступили крестьянские массы. На Полтавщине в начале января 1919 года вспыхнуло крестьянское восстание против диктаторского режима Болбочана.
5–7 января 1919 года в Житомире полыхало восстание против власти Директории, а 15 января против Директории восстали уже две ее собственные Днепровские дивизии: атамана Зеленого и атамана Данченко. Первая — по причине нежелания выступать на фронт против красных, вторая — по причине нежелания выступать на фронт против польской армии. Эти дивизии стояли под Киевом и создали непосредственную реальную угрозу столице. Только к 24 января сечевым стрельцам удалось разгромить и распылить эти дивизии. Хотя победа над ними была относительной — фронт оголился, повстанцы затаились, перепрятав оружие, и могли в любой момент вновь взяться за винтовки.
8 января красные устремились к Чернигову, который оборонял командир 5-го корпуса армии УНР полковник Бондаренко. Для прикрытия Чернигова с востока он мог отправить на фронт только 200 бойцов с 2 пулеметами. Но большевики легко опрокинули этот заслон, а в Чернигов» стали просачиваться диверсионные группы. Они портили связь, провоцировали стрельбу на улицах. Бондаренко был вынужден вывести полуторатысячный гарнизон из города и отступить на Козелец, после чего 12 января 1919 года красные захватили Чернигов.
Необъявленность войны, государственный хаос, активная агитация большевиков приводили к неподчинению приказам Петлюры, к общему разложению в армии, к переходам бойцов УНР на сторону красных, к безобразному своевольничанью частей, превращавшихся в разбойничьи банды.
Но не только армия Директории страдала от внутренней анархии и неорганизованности. Красная Армия тоже переживала этап партизанщины, особенно характерный для украинских частей. В конце декабря 1918 года группа Сахарова, захватив Валуйки, Купянск и Волчанск, на самой границе с Советской Россией объявила о своем неподчинении руководству Красной Армии России. Командование этой группой было сосредоточено в руках левых эсеров (Сахарова, Саблина, Цветкова), находившихся в некоторой оппозиции ленинскому режиму. Командиры группы организовали уездный Валуйский повстанческий ревком и Центральный повстанческий Украинский штаб с целью провозглашения нового украинского государства под руководством левоэсеровского правительства. Этот ревком и штаб пытались стать альтернативным военным центром, создать независимую Восточную украинскую повстанческую армию.
Повстанческие части, вступившие в Украину, были уличены в массовых грабежах населения, в проявлениях неоправданной жестокости. Так, красные казаки за бунт в собственном войске порубали зачинщиков саблями, а для «легких» наказаний практиковали шомпола. Эти две украинские части на четверть состояли из интернационалистов: немцев, венгров, австрийцев, чехов и… 30 курдов.
Тем временем вокруг Полтавы сомкнулось кольцо крестьянских восстаний, вызванных началом мобилизации в армию Директории. Снова всплыл атаман Шинкарь, который в январе 1919 года уже не скрывал советской ориентации… Из Харькова на Полтаву двинулись части 2-й советской дивизии. 16 января 1918 года Болбочан, еще имея 6 тысяч бойцов, разуверившись в обороне города, сдает Полтаву отрядам восставших крестьян (2 тысячи человек) и отводит свое войско дальше на запад, на Кременчуг. Уведя чисти своего корпуса с фронта, Болбочан предает интересы республики, не выполняет приказа Петлюры — оборонять «до последней возможности» Полтаву и железную дорогу Полтава — Киев. Вместо сопротивления красному наступлению Болбочан открыл прямой путь Красной Армии на Киев. 25 января Петлюра был вынужден отдать приказ об аресте Болбочана.
