Подводные танкеры, впервые появившиеся в конце весны 1942 года были специальными подводными лодками, которые обеспечивали ударные лодки топливом, запасными частями, боеприпасами, торпедами, водой, медикаментами, оборудованием и даже людьми. В результате подводный танкер позволял ударной лодке находиться в море в 2 раза дольше.
Если подводные танкеры позволили лодкам начать действия в Южной Атлантике, весной 1943 года открылся еще один театр. Германские лодки начали действовать в Индийском океане, используя японскую базу в Пенанге, на западном побережье Малайского полуострова. Патрулирование там продолжалось до самого конца войны.
Одной из самых тяжелых проблем для Деница было постоянное стремление Гитлера и Штаба PВМ использовать подводные лодки для решения задач, к которым они были совершенно не приспособлены. Они служили в качестве метеорологических станций в Атлантике. Они охраняли побережья от вторжения, которое противник даже не планировал. Они сопровождали надводные корабли. Что самое плохое, их посылали в качестве аварийных команд на разные театры военных действий. Во всех этих случаях подводным лодкам приходилось играть роль отсутствующих надводных кораблей, авиации и даже баз. Для всех этих операций приходилось отзывать лодки из Северной Атлантики, что вызывало сокращение потопленного тоннажа. Кроме того некоторые из этих задач приводили к высоким потерям.
Обычно 2 подводные лодки в течение всей войны действовали в качестве метеорологических судов в Северной Атлантике. Это было совсем небольшое распыление сил, однако в январе 1941 года Гитлера начала всерьез беспокоить перспектива британского вторжения в Норвегию, которую он считал решающим военным театром. Он приказал собрать там все подводные лодки. Приказ был изменен, в Норвегию отправлялось всего 20 лодок, но и это стало серьезным ударом по операциям в Атлантике. В марте эти лодки были отданы в распоряжение адмирала, командовавшего морскими силами в Норвегии, что позволило наладить взаимодействие с остальными силами флота. Количество лодок в Норвегии постоянно менялось. Летом 1941 года оно сократилось, к началу 1942 года опять резко выросло, так как Гитлера снова обуяло беспокойство. Штаб РВМ согласился с Деницем, что подводные лодки должны топить как можно больше судов в Атлантике, но предупредил, что следует провести перераспределение сил, так как союзники все-таки могут высадиться в Норвегии. Подводные лодки могли решать сразу 2 задачи, одновременно нанося удары по следующим в Мурманск конвоям. Утверждения, что рост потопленного в Атлантике тоннажа есть наилучшая гарантия против всяких вторжений, и что подводные лодки не смогут отразить высадку десанта, Штаб PВМ просто отмел. А послать в Норвегию можно было только подводные лодки — других кораблей в Германии просто не имелось. Похоже, Гитлер окончательно запутался в собственной политике. Сначала он говорил о потопленном тоннаже, потом указывал на важность атак мурманских конвоев. Но совместить эти задачи было невозможно, так как эти конвои следовали редко и нерегулярно, а других целей в арктических водах просто не имелось. Подводные лодки достигли некоторых успехов в Арктике, особенно во время согласованных усилий по уничтожению конвоя PQ-17 в июле 1942, однако общий тоннаж на день патрулирования был очень низким, так как целей было мало, а сопровождение конвоев было сильным. К декабрю 1942 года количество подводных лодок в Норвегии снова сократилось, так как союзники высадились в Северной Африке.
Редеру обычно удавалось противостоять внезапно возникающим бредовым идеям Гитлера вроде постройки транспортных подводных лодок для вторжения в Исландию. Однако операции блокадопрорывателей и вспомогательных крейсеров все-таки приходилось проводить, несмотря на их более чем сомнительную ценность, так как других сил Редер просто не имел. В июне 1941 года несколько лодок были отправлены на Балтику, где они должны были помешать действиям русского флота, но в конце августа их отозвали, оставив русский флот в покое.
Самой бессмысленной и тяжелой затеей стала посылка лодок на Средиземноморский театр. С апреля по июль 1941 года Редеру удавалось противостоять требованиям Гитлера отправить лодки, чтобы помочь ведению Африканской кампании. Но в июле Гитлер решил проверить, могут ли итальянцы обеспечить надлежащую базу. В августе был отдан приказ, и, несмотря на протесты флота, в сентябре 6 подводных лодок были отправлены на Средиземное море, за ними последовали еще 6 в ноябре, а потом пришлось отправить еще несколько лодок. Такое распыление сил привело к резкому сокращению количества действующих в Атлантике подводных лодок. Дениц регулярно протестовал, как правило Редер его поддерживал, хотя и считал, что все-таки следует проявлять какую-то активность на Средиземном море, чтобы поддержать Роммеля и противостоять британскому наступлению в Северной Африке. Дениц указывал, что концентрация британского флота делает достижение успеха крайне маловероятным. Кроме того из-за господствующих течений любая подводная лодка, посланная в Средиземное море, почти не имеет шансов прорваться обратно в Атлантику, учитывая все более прочную британскую завесу в Гибралтарском проливе. К декабрю почти все лодки, имевшиеся на Атлантическом театре были сосредоточены либо на Средиземном море, либо западнее Гибралтара, так как от Деница потребовали держать в этом районе не менее 25 подводных лодок.
Подводные лодки добились определенных успехов на Средиземном море, потопив 1 линкор, 2 авианосца, пару крейсеров и несколько торговых судов, однако потери в лодках оказались очень велики из-за спокойных вод и мощных британских эскортных сил. Когда в середине декабря 1941 года подводные лодки в районе Гибралтара были освобождены для действий против судоходства на маршруте Гибралтар — Англия, они тоже не слишком преуспели, так как море здесь тоже было спокойным, а англичане резко увеличили свои противолодочные силы. Теперь у них впервые появились эскортные авианосцы. Подводные лодки уничтожили 1 авианосец, 1 эсминец и 2 транспорта, но при этом англичане уничтожили 5 лодок. В январе 1942 года пришел приказ ОКМ послать еще 2 — 3 лодки в Средиземное море. Остальные лодки из района западнее Гибралтара были передвинуты в Северную Атлантику.
США постепенно наращивали мощности своих верфей и оказывали Британии все более серьезную помощь. Редер убеждал Гитлера снять ограничения на атаки судов в зоне американского нейтралитета. Даже когда американцы начали конвоировать суда в Исландию и преследовать подводные лодки, Гитлер отказывался предпринимать что-либо против Соединенных Штатов, помня, что именно подводная война привела к вступлению США в Первую Мировую войну. Американские суда даже не подвергались обычному досмотру. Когда подводная лодка заметила американский линкор "Техас" и начала его преследовать внутри объявленной в июне 1941 американцами военной зоны, Гитлер отдал приказ, чтобы подводные лодки не атаковали корабли размерами менее крейсера, а случае атаки крупного корабля командир должен быть твердо уверен, что это неприятель. Эти приказы вывели из под удара самого опасного противника подводной лодки — эскортные корабли. Вскоре лодки получили небольшое облегчение, им было разрешено обороняться в случае атаки, однако это передавало инициативу противнику. Тем не менее Гитлер требовал избегать любых инцидентов, хотя отказался официально признать расширение американской зоны безопасности, отодвинувшее район патрулирования американских кораблей на сотни миль к востоку. Сначала ее граница в феврале 1941 года была проведена чуть западнее Исландии, а в июле была передвинута к востоку от острова.
Усиление американской активности неизбежно вело к столкновениям. Первым стал инцидент с "Гриром" в сентябре 1941. Подводную лодку U-652 преследовал эсминец. Когда раздались взрывы глубинных бомб, командир лодки решил, что виноват в этом эсминец, хотя на самом деле бомбы сбросил британский самолет. Подводная лодка выпустила 2 торпеды, которые прошли мимо. Только на следующий день командир лодки узнал, что это был американский эсминец "Грир". К тому времени эта стычка превратилась в серьезный инцидент, который позволил Рузвельту отдать приказ своим морякам обстреливать любую "гремучую змею Атлантики", которую они заметят. В октябре еще один американский эсминец был поврежден во время битвы конвоев, а через 3 недели еще один эсминец в подобном столкновении был потоплен.
11 декабря 1941 года Германия и Италия объявили войну Соединенным Штатам через 4 дня после японского удара по Пирл-Харбору. Так как германские лидеры не были предупреждены японцами заранее, они не смогли в полной мере использовать фактор внезапности. На американском театре не было ни одной лодки, и Дениц хотел сосредоточить там максимальные силы, прежде чем американцы укрепят свою оборону. Он не предполагал встретить конвойную систему или опытные силы ПЛО. Кроме того количество эскортных кораблей было смехотворно мало по сравнению с районом, который им надлежало прикрыть. Он планировал нанести удар, пока не усилится оборона района, а потом перенести усилия в новый район. Подводные лодки должны были действовать по одиночке, так как не предполагались встречи с конвоями.
