С восшествием на папский престол Григория IX в 1227 г. началась ожесточенная война против ереси. С благословения папы был заключен мирный договор между Фридрихом II и Ломбардской Лигой, одним из условий которого являлось уничтожение ереси. Папа потребовал от ломбардцев положить конец ереси; условия мирного договора должны были быть выполнены под угрозой кары Св. Престола. В Средней Италии Григорий признал пользу доминиканского ордена и заложил первые основания инквизиции во Флоренции. Но в 1231 г. он узнал, что ересь даже в самом Риме открыто заявляла о себе и привлекала к себе много священников и других лиц духовного звания. Первое аутодафе в Риме, о котором сохранилось воспоминание, было совершено сенатором Аннибальдо. Один из еретиков был сожжен,.другие осуждены на тюремное заключение. Григорий издал декреталий, легший в основу судопроизводства инквизиции, и от имени сенатора объявил применение суровых светских законов. Влиянию Григория следует приписать жестокое законодательство Сицилийских Конституций, опубликованных около этого времени, и Равеннских декретов, изданных в 1232 г. В 1228 г. папский легат добился от жителей Милана признания закона, предписывающего разрушение домов еретиков; светским властям приказывалось предавать в течение десяти дней смерти всех, кто будет осужден Церковью. Кардинал-легат в 1232 г. начал дело против еретиков в Бергамо; нескольких он заключил в тюрьму; но лишь только он удалился, граждане освободили еретиков из тюрьмы. Тогда легат отлучил весь город от Церкви. Григорий 3 ноября 1232 г. назначил инквизитора Ломбардии и поручил ему воссоединить город с Церковью, если население даст гарантии, что ересь будет уничтожена.
В 1233 г. кремонский инквизитор, доминиканец, приказал подестату Пьяченцы изгнать еретиков. Но с попустительства подестата еретики напали на священников, епископа и монахов. Один монах был убит; инквизитор и многие из его спутников были ранены. Григорий IX послал в Пьяченцу архидиакона с поручением отдать город под контроль католической партии и взять с него ручательство скорого уничтожения еретиков. В ответ вспыхнуло новое восстание, и были освобождены из тюрьмы заключенные. Тем не менее инквизитор в 1234 г. снова действует в Миланской области. Здесь один крупный феодал давал приют еретикам в своем замке близ Лоди. За это он был осужден на позорную епитимью. Месяц спустя инквизитор арестовал двух купцов и отобрал все их товары; но Григорий приказал освободить их, взяв с них огромный залог – две тысячи серебряных марок.
Ученик св. Доминика Монета своими действиям против еретиков Ломбардии возбудил к себе такую ненависть, что один дворянин подкупил убийцу; но об этом сообщили Монете, который захватил дворянина и наемного убийцу и выдал их светским властям на сожжение. В это время был привлечен к преследованию еретиков один из самых выдающихся проповедников-доминиканцев, Джованни Скио. Папа направил его во Флоренцию, где беспрерывные беспорядки сопровождались ростом ереси, несмотря на усилия молодой инквизиции. Джованни с успехом выполнил свою миссию во Флоренции и был послан в Ломбардию. Там он отправился в Верону, которую в то время осаждали армии Мантуи, Болоньи, Брешии и Фаэнцы; он убедил осаждавших удалиться, и жители Вероны выбрали его подестатом своего города. Он воспользовался властью и сжег до шестидесяти еретиков обоего пола, принадлежавших к самым знатным фамилиям города. Джованни, по приглашению епископа, посетил свой родной город Виченцу. Инквизитор воспользовался и здесь своей властью, чтобы сжечь много еретиков. Когда он возвратился в Верону, в Виченце произошло народное восстание. Джованни вернулся, подавил мятеж и казнил многих граждан, бывших, возможно, еретиками.
В мае 1236 г. Григорий IX сделал безуспешную попытку учредить в Ломбардии инквизицию. В 1237 г. Фридрих II заявил, что желание уничтожить ересь побудило его захватить Ломбардию; когда же Григорий упрекнул его, что он оказывал покровительство еретикам, то император напомнил, что он выступил против людей, которые под предлогом уничтожения ереси старались захватить власть над городами и под видом залогов конфисковали замки дворян, подозреваемых в ереси. Григорий также в интересах своей политики в Ломбардии смягчал строгость в отношении еретиков.
В течение нескольких лет Джованни Скио тихо жил в Болонье. В 1247 г. Иннокентий IV назначил Джованни постоянным инквизитором всей Ломбардии, дал ему полные полномочия и освободил его от всякого повиновения генералу, или провинциалу доминиканского ордена. В 1256 г. Джованни организовал и возглавил крестовый поход против тирана Тревизо. Но утомленный ссорами между вождями, он вернулся в Болонью. Он умер в 1265 г. во время крестового похода против Манфреда; в армии Карла Анжуйскаго был десятитысячный отряд болонцев, преданных этому доминиканцу.
Наиболее известным борцом против ереси был Петр Веронский, более известный под именем св. Петра Мученика. Он родился в Вероне в 1203 или 1206 г.; родители его были еретики-катары. Став взрослым, Петр в 1221 г. вступил в доминиканский орден и, в силу обязанности своего ордена, проповедовал против еретиков. Когда доминиканцам поручили преследование ереси, Петр в 1233 г. был послан в Милан. До этого времени папа не мог заставить власти и граждан взяться за искоренение ереси. Законы, внесенные в 1228 г. в городские статуты, не исполнялись. Не ограничиваясь внесением в городской закон узаконения, выработанного в 1231 г. Григорием, Петр Веронский заставил действовать подестата и архиепископа. Много еретиков было сожжено. Это были первые жертвы фанатизма в Милане; и эта казнь произвела сильное впечатление.
Петр основал в Милане общество для уничтожения ереси под покровительством папы; оно было прототипом учреждения, которое десять дет спустя совершило во Флоренции так много кровавых «подвигов». В 1242 г. в Милане его жестокости вызвали открытый мятеж. Через два года он боролся с ересью уже во Флоренции, городе первых опытов инквизиции. В 1228 г. приор С.-Марии Новелла был отправлен туда с поручением преследовать еретиков. Еретиков там поддерживали гибеллины и сторонники Фридриха II; поэтому, несмотря на зажигавшиеся костры, ересь там быстро распространялась. Многие знатные фамилии исповедовали ересь или открыто защищали ее. Барони выстроили в С.-Гаджио, за городскими стенами, укрепленный замок, где находили убежище совершенные еретики. Чиприани владели двумя замками (один – в Муньоне, другой – во Флоренции), где происходили катарские собрания. У катаров были крупные школы в Поджибонси, Пиан ди Кашиа и Понте а Сиеве.
В Центральной Италии только в 1235 г. была впервые сделана серьезная попытка ввести инквизицию; доминиканцам Витербо папа предоставлял право во всех епархиях Тосканы, Витербо, Орты, Бальнеореджио, Кастро, Соано, Америно и Нарни не наказывать тех еретиков из непризнанных таковыми открыто, которые добровольно принесут повинную, если епископы отпустят грехи, а ими будет дан достаточный залог. Участь тех еретиков, которые не покаются добровольно, должна быть решена согласно папским статутам. В 1237 г. папа осудил в Витербо Джованни да Беневенто, прозванного «папой еретиков», а также много других еретиков; он велел разрушить дворцы нескольких знатных фамилий, давших у себя приют еретикам. В Парме в то время генерал доминиканского ордена Иордан основал общество Рыцарей Иисуса Христа для борьбы с ересью. Под энергичным руководством инквизитора Руджиери Калканьи во Флоренции росло число казней. Еретиков сжигали и в других местностях; преследование становилось энергичным всюду, где это позволяло политическое положение. В 1244 г. упоминается о двух сожженных в Пизе. Во Флоренции Руджиери раскрывал все новых еретиков; преследования становились все более многочисленны и все более суровы, папские грамоты предписывали синьории исполнять приказания инквизитора. Вскоре добрая треть населения, в том числе и много знатных людей, подверглась преследованию. Руджиери арестовал многих вождей еретиков и приговорил признанных виновными к сожжению на костре. Преследуемым приходилось выбирать между открытым сопротивлением или гибелью.
Барони собрали своих сторонников и освободили заключенных, которые рассеялись по разным укрепленным замкам флорентийской области. Иннокентий IV требовал от синьории оказывать инквизиторам содействие. По призыву папы из Ломбардии во Флоренцию прибыл в конце 1244 г. Петр Веронский. Он образовал из католической знати военный орден Св. Марии для защиты доминиканцев и инквизиции. Получив поддержку, Руджиери сжег много жертв. Еретики объединились под управлением Барони и получили поддержку от только что назначенного Фридрихом II подестатом Сер Паче ди Пезаннола из Бергамо, так как в интересах его повелителя было покровительствовать еретикам. Руджиери заставил Барони 1 августа 1245 г. принести присягу на верность Церкви и внести залог в тысячу лир. Но так как Руджиери этим не удовлетворился и готовился произнести над ними приговор, Барони подали апелляцию подестату. 12 августа Сер Паче послал к Руджиери своих чиновников с приказанием прекратить процесс, как противоречащий приказу императора, вернуть взятые в виде залога деньги, а в случае отказа пригрозил инквизитору штрафом в тысячу марок. В ответ Руджиери вызвал к себе самого Сер Паче как подозреваемого в ереси и покровителя еретиков под угрозой обвинения в злоупотреблении по должности и увольнения со службы. Подестат велел ударить в набат. Много безоружных католиков было убито в тот день у подножия алтарей. В день св. Варфоломея, 24 августа, Руджиери и епископ Ардинго осудили Барони и постановили конфисковать их имения и разрушить их замки и дворцы. Это послужило сигналом к кровавому столкновению между двумя партиями. Еретики потерпели полное поражение, во Флоренции было уничтожено могущество еретиков и гибеллинов. В конце 1245 г. обязанности инквизитора перешли к самому Петру. Многие из гонимых Петром еретиков отказались от своих заблуждений, другие бежали из города. Петр победил ересь и прочно основал инквизицию.
