Барони собрали своих сторонников и освободили заключенных, которые рассеялись по разным укрепленным замкам флорентийской области. Иннокентий IV требовал от синьории оказывать инквизиторам содействие. По призыву папы из Ломбардии во Флоренцию прибыл в конце 1244 г. Петр Веронский. Он образовал из католической знати военный орден Св. Марии для защиты доминиканцев и инквизиции. Получив поддержку, Руджиери сжег много жертв. Еретики объединились под управлением Барони и получили поддержку от только что назначенного Фридрихом II подестатом Сер Паче ди Пезаннола из Бергамо, так как в интересах его повелителя было покровительствовать еретикам. Руджиери заставил Барони 1 августа 1245 г. принести присягу на верность Церкви и внести залог в тысячу лир. Но так как Руджиери этим не удовлетворился и готовился произнести над ними приговор, Барони подали апелляцию подестату. 12 августа Сер Паче послал к Руджиери своих чиновников с приказанием прекратить процесс, как противоречащий приказу императора, вернуть взятые в виде залога деньги, а в случае отказа пригрозил инквизитору штрафом в тысячу марок. В ответ Руджиери вызвал к себе самого Сер Паче как подозреваемого в ереси и покровителя еретиков под угрозой обвинения в злоупотреблении по должности и увольнения со службы. Подестат велел ударить в набат. Много безоружных католиков было убито в тот день у подножия алтарей. В день св. Варфоломея, 24 августа, Руджиери и епископ Ардинго осудили Барони и постановили конфисковать их имения и разрушить их замки и дворцы. Это послужило сигналом к кровавому столкновению между двумя партиями. Еретики потерпели полное поражение, во Флоренции было уничтожено могущество еретиков и гибеллинов. В конце 1245 г. обязанности инквизитора перешли к самому Петру. Многие из гонимых Петром еретиков отказались от своих заблуждений, другие бежали из города. Петр победил ересь и прочно основал инквизицию.
Смерть Фридриха II 13 декабря 1250 г. избавила папство от самого страшного врага, который один только мешал папам в их честолюбивых планах захватить господство над всей Италией и основать всемирную теократическую монархию. Покровительство, которое Фридрих оказывал еретикам, долго мешало деятельности инквизиции в Италии; теперь это препятствие было устранено. Были разосланы инквизиторы во все местности Ломбардии. Петру Веронскому и Вивиану Бергамскому Иннокентий IV своим бреве от 8 июня 1251 г. вручил полные полномочия и предписал отправиться в Кремону; сеньоров надлежало принудить к поддержке инквизиторов угрозой духовных наказаний, а если это окажется недействительным, то христианский мир должен начать крестовый поход, чтобы уничтожить мятежных. Вскоре последовало несколько других булл, обращенных к доминиканским провинциалам и главам государств: папа требовал от них деятельной помощи и внесения во все местные статуты декретов против еретиков, изданных покойным императором и папами. Деятельность папы увенчалась изданием 15 мая 1252 г. буллы «Об истреблении»; папа стремился подчинить гражданскую власть инквизиции и уничтожение ереси ставил первой задачей государства.
Через девять месяцев после возобновления деятельности в Кремоне, а затем в Милане Петр навел такой ужас, что враги решили убить его. Возвращавшихся из Вомо в Милан на пасхальной неделе, 7 апреля 1252 г., Петра и его спутника монаха Доминика заговорщики подкараулили в глухом месте недалеко от Барлассины и убили. Убийцы изувера-инквизитора, Манфред и Томасо, были арестованы и сознались. Манфред сознался также в том, что принимал участие в убийстве в Ломбардии двух других инквизиторов францисканцев. Ему было только приказано явиться на суд папы, но он бежал. Народная молва утверждала, что убийцы нашли убежище у вальденцев в альпийских долинах.
Церковь смогла убедить народ в том, что убитый инквизитор – святой мученик. Уже в мае 1252 г. Иннокентий послал генеральному капитулу ордена доминиканцев в Болонью грамоту, в которой призвал доминиканцев с новой энергией искоренять ересь. 31 августа он приказал начать дело о канонизации Петра, а 25 марта 1253 г. была обнародована булла о канонизации, в которой заявлялось, что мученическая смерть и чудеса Петра вызвали обращение многих еретиков.
В большинстве итальянских городов были образованы отряды из лучших рыцарей, называвшиеся кроцессинати, рыцари приносили присягу защищать инквизиторов и помогать им, не щадя своей жизни, и своим имуществом служить уничтожению ереси; они получали полное прощение грехов. Эти общества существовали еще в XVIII в. На место Петра был назначен Райнерио Сакконе из Виченцы, занимавший раньше видное положение в церкви катаров, но он покаялся и вступил в доминиканский орден. Иннокентий IV разрешил в 1246 г. доминиканскому приору Милана принимать в орден раскаявшихся еретиков, не требуя от них года послушанья, обязательного для католиков. Назначенный вскоре инквизитором в Павию, зная прекрасно все тайны еретиков, Райнерио преследовал их с неумолимостью вероотступника.
До смерти Фридриха II Ломбардия считалась верным убежищем еретиков, и даже после окончательного устройства ломбардской инквизиции еще в течение целого столетия гонимые искали там себе приют. В Тревизской Марке продолжал оказывать покровительство еретикам Эццелицо да Романо, влияние которого сказывалось далеко на Западе. Конрад IV в 1253 г. назначил вице-генералом Ломбардии Гумберта Паллавичино, который вскоре сделался для Церкви столь же опасным, как и Эццелино. Граждане Милана из гвельфов превратились в индифферентных, так как Иннокентий поссорился с городом, предоставив некоторым духовным лицам права, отобранные у них гражданами. Одним из первых действий Райнерио в Милане был вызов в 1253 г. на суд сторонника и защитника ереси Эгидия да Кортенуова. Замок графа около Бергамо был срыт, как гнездо еретиков, и было запрещено возобновлять его. Но граф занял замок Монгано, где еретики под его защитой пользовались полной неприкосновенностью. 23 марта 1254 г. Иннокентий IV приказал властям Милана взять замок силою и доставить его жителей в трибунал инквизиторов. Между тем граф заключил тесный союз с Паллавичино, «этим врагом Бога и Церкви», и жители Милана не проявили особого желания повиноваться приказанию Иннокентия. Монгано служил убежищем для преследуемых до 1269 г., когда жители Милана согласились осадить замок и, взяв его, передали доминиканцам.
Знатный миланец Роберт Патта да Гиссано в течение двадцати лет был одним из самых видных защитников ереси в Ломбардии. В своем замке он открыто принимал еретических епископов; он позволял еретикам строить дома и открывать школы. Роберт был вызван архиепископом и отрекся от ереси, но продолжал покровительствовать еретикам в Гатге. В 1254 г. Райнерио послал Роберту новый вызов. Так как он не явился, то инквизитор осудил его за ересь, конфисковал его земли и объявил его потомков лишенными прав. Роберт был вынужден заранее принять все условия, которые предложит ему папа. Иннокентий 19 августа 1254 г. приказал предать пламени замок Гатта и все жилища еретиков и вырыть и сжечь кости похороненных на кладбище, а графу приказал подчиниться тому духовному наказанию, которое наложит на него Райнерио. Папство достигло тогда высшего могущества. Все его старания были направлены к тому, чтобы усовершенствовать инквизицию и сделать из нее орудие своей политики и средство достигнуть единства веры. 8 марта Иннокентий приказал францисканскому министру Рима послать в качестве инквизиторов монахов во все южные провинции Ломбардии. 20 мая он снова обнародовал буллу «Об истреблении», а 22 мая послал всем итальянским владетелям конституции Фридриха II с приказанием внести эти законы в местные статуты. В случае неповиновения нищенствующим было поручено заставить владетелей слушаться. 29 мая папа приступил к реорганизации ломбардской инквизиции и приказал провинциалу назначить четырех инквизиторов, которым были подсудны все области от Болоньи и Феррары до Генуи. Благодаря этим мерам, а также деятельности Райнерио, инквизиция быстро распространилась на всей местности, за исключением тех, где властители гибеллины, вроде Эццелино и Гумберта, мешали ее введению.
Чтобы сломить упорство некоторых городов, выказывавших недостаточную готовность к арестам и выдаче граждан, указанных инквизиторами, новый папа Александр IV последним дал право карать это преступление тяжелым штрафом в двести серебряных марок. Получив этот папский указ, Райнерио 1 августа 1255 г. объявил его всему населению Милана и заявил, что тот, кто будет хулить инквизицию и мешать ее деятельности, будет отлучен от Церкви как соумышленник ереси и наказан сообразно своим дерзким поступкам.
20 марта 1256 г. Александр IV дает приказ провинциалу увеличить число инквизиторов в два раза – до восьми. Райнерио в январе 1257 г. был назначен верховным инквизитором всей Ломбардии и Генуэзской и Тревизской Марок. Получив теперь право назначать своих делегатов, он был освобожден от контроля провинциала; если он найдет число работников недостаточным, то может набрать новых помощников среди людей, исключительно зависящих от него. В марте 1256 г. настоятельно было предложено прелатам оказывать инквизиторам всякую посильную помощь. В январе 1257 г. это было вновь подтверждено.
