Поражение и пленение внука Фридриха И, молодого Конрадина в августе 1268 г. в Тальякоцце, а затем жестокая казнь побежденного в октябре окончательно погубили одновременно Швабский дом и гибеллинов. Инквизиция отныне всюду могла свободно отправлять свои обязанности. В это время права, обязанности и делопроизводство святого трибунала были окончательно выработаны и повсеместно признаны; не было ни одного препата, ни одного владетеля, которые осмелились бы подвергнуть их сомнению.
Еще Иннокентий IV разделил в 1254 г. полуостров между двумя орденами, предоставив Геную и Ломбардию доминиканцам, а Центральную и Южную Италию францисканцам. В Римскую и Тосканскую провинции было назначено по два инквизитора; в Сполето, или провинцию св. Франциска, один; но в 1261 г. каждому инквизитору было дано по два помощника, а провинциальным было предоставлено право назначать сверх этого столько, сколько понадобится. В Ломбардии было восемь инквизиторов, а когда в 1304 г. доминиканцы разделили эту провинцию, то в Верхней Ломбардии стало семь инквизиторов, в Нижней – три. Тревизская Марка и Романья были поручены францисканцам. Их вымогательства были настолько невыносимы, что в 1302 г. Бонифаций VIII передал эти округа доминиканцам, что не принесло населению особого облегчения. Победители сейчас же стали вводить в землях, завоеванных у гибеллинов, единство веры. Уже в феврале 1259 г. францисканскому министру Болоньи было приказано назначить двух монахов-инквизиторов в Римскую провинцию. Как только Виченца успокоилась после смерти Эццелино, туда явился брат Джованни Скио, чтобы снять с населения отлучение от Церкви, тяготевшее над ним за послушание Эццелино. В Павии был открыт и сожжен еретический епископ; два дьякона и восемь других совершенных еретиков упорствовали в своих заблуждениях и были сожжены. В Пьяченце инквизиция сожгла двадцать восемь повозок еретиков. В Сермионе жители в течение шестнадцати лет не допускали у себя преследования и, будучи сами хорошими католиками, оказывали покровительство еретикам. Возмущенный этой нечестивой веротерпимостью, епископ Веронский обратился к тиранам Вероны и Мантуи с просьбой «образумить» Сермионе. В 1276 г. мятежный город был вынужден покориться, выдал больше сотни совершенных, смиренно умолял восстановить католичество и обещал выполнить все требования Церкви. Инквизитор Тревизо запросил папу Иоанна XXI о том, какую епитимью следует наложить на город. Папа предписал инквизитору снять отлучение, если город назначит синдика (поверенного), который от имени всех граждан отречется от ереси и принесет присягу, что в будущем будет арестовывать и выдавать инквизиции всех еретиков. Всякое нарушение этой клятвы влекло за собой новое отлучение. Затем всякий гражданин должен был лично явиться к инквизитору, сознаться во всем, что касалось ереси, отречься и выполнить епитимью, которая будет наложена на него. Таким путем граждане избежали всех позорных наказаний, тюрьмы, конфискаций и лишения права на занятие общественных должностей. О каждом должен быть составлен подробный протокол, и если кто утаит правду или снова впадет в заблуждения, то с ним поступят по всем строгостям законов. Что же касается закоренелых еретиков, следовало судить строго согласно с канонами: семьдесят еретиков были осуждены инквизитором и сожжены. В 1278 г., чтобы обеспечить чистоту веры, в Сермионе был основан францисканский монастырь, причем на его постройку пошло четыре тысячи лир штрафа, уплаченного Вероною; этот штраф являлся одним из условий, на которых был снят с города интердикт, наложенный за его помощь несчастному Конрадину. В 1289 г. замок Эццелино в Иллазио был отдан нескольким знатным лицам, отличившимся в борьбе против Сермионе; это было одновременно и наградою им и поощрением в дальнейшей поддержке инквизиции.
Ересь, лишенная всякого покровительства, была постепенно совершенно уничтожена, и инквизиция прочно основала свое могущество во всей стране. В областях, бывших некогда гибеллинскими, ни один человек, как бы ни было чисто его католичество, не мог считать себя безопасным от преследования; достаточно было дурно отозваться о деятельности инквизиторов или иметь состояние, которое обратило бы на себя их внимание. В захваченных владениях Эццелино инквизиция преследовала еретиков и конфисковала их имущество. Когда современники Эццелина перемерли, стали возбуждать дела против мертвых и лишать наследников состояния.
В 1277 г. брат Коррадо Пагано предпринял поход против еретиков Вальтелино. Однако один из самых могущественных вельмож области Коррадо да Веноста быстро прекратил поход, убив 26 декабря инквизитора и перерезав всех его спутников. Пагано был одним из самых ревностных преследователей ереси. В ноябре 1279 г. подестату Бергамо удалось захватить Коррадо и его сторонников. Он тотчас же приказал препроводить их под усиленным конвоем к инквизиторам, которым было приказано наказать преступников так, чтобы навести страх на всякого, кто захотел бы им подражать, а всем владетельным лицам Ломбардии было предписано озаботиться, чтобы арестованные были доставлены в целости.
В Парме брат Флорио сжег много еретиков. В 1279 г. он осудил одну женщину рецидивистку; она была выдана светским властям и сожжена. Жители Пармы осадили доминиканский монастырь, уничтожили дела инквизиции и так грубо обошлись с монахами, что один из них через несколько дней умер. Кардинал-легат Остии отлучил город от Церкви. Этот интердикт был снят только в 1282 г., но и тогда виновные не были наказаны. В 1285 г. Гонорий IV потребовал, чтобы жители Пармы выслали к нему в месячный срок делегатов, уполномоченных выслушать папское решение. В 1287 г. граждане, восстановленные в своих правах, подали просьбу о возвращении к ним доминиканцев. В других местностях инквизиция и инквизиционный процесс также вызывали настолько серьезную оппозицию, что провинциальный собор в Милане в 1287 г. постановил, чтобы всякий член городского управления в разных городах провинций, который будет открыто оказывать покровительство ереси, был причислен к подозреваемым в ереси и лишен всех средств и бенефиций, исходящих от Церкви. Даже в самой папской области сопротивление не было совершенно подавлено: в 1254 г. Иннокентий IV побуждал инквизиторов городов Орвието и Ананьи действовать более энергично. В 1258 г. Александр IV обеспокоился ростом ереси в самом Риме и требовал усиления деятельности от инквизиторов и более энергичной помощи от епископов. Но даже спустя двадцать лет один рыцарь в своем замке близ Ананьи скрывал еретиков. Инквизитор римской провинции неоднократно, но безуспешно пытался начать преследование мятежников. В 1278 г. Николай III послал своего нотариуса с полномочием дать прощение в случае изъявления покорности. Но еретики держались твердо, и папа приказал маршалу Церкви в Тоскане оказать инквизитору вооруженную помощь. В 1265 г. население Витербо поднялось против инквизиции и было приведено к покорности после кровопролитного сражения. В 1279 г. Николай, в свое время в качестве генерал-инквизитора уничтожавший здесь ересь, жаловался, что еретики постоянно находили убежище в городе и все население было заражено; поэтому инквизитору было приказано отправиться в Витербо и произвести там широкое расследование.
Открытые проявления ереси были подавлены легко после того, как не стало вождей-гибеллинов, покровительствовавших еретикам, но все же ересь продолжала существовать тайно и даже процветала. Следствие против памяти Арманно Понджилупо Феррарского свидетельствует не только о деятельности и успехах инквизиции в Ферраре, но и об упорстве еретиков в Виченце, Бергамо, Римини. В Вероне была сожжена в 1270 г. статс-дама маркизы д'Эсте и открыты два катарских епископа. Дело Арманно Понджилупо показывает, какие затруднения встречали инквизиторы при раскрытии ереси, скрывавшейся под маской католичества. В Ферраре в 1254 г. он был схвачен и заключен в тюрьму; после сознания и отречения он был выпущен на свободу, получил от своего катарского епископа разрешение за свое отречение и снова был принят в секту. С этого времени до самой своей смерти (в 1269 г.) он распространял катарское учение. Между тем, он вел себя как самый строгий католик. Умер он, окруженный ореолом святости и был погребен в кафедральном соборе. Народ почитал его как святого. Город деятельно хлопотал о его канонизации, но инквизиция выступила против. В собранных святым трибуналом сознаниях имя Арманно встречалось постоянно как одного из самых деятельных и убежденных еретиков. Спор о том, еретик он или святой, продолжался до 1301 г. Тогда назначенная в 1300 г. папой Бонифацием VIII комиссия вынесла окончательное решение: Арманно умер еретиком-рецидивистом; кости его должны быть вырыты и сожжены; все движимое и недвижимое имущество Арманно должно быть конфисковано в пользу инквизиции, причем были признаны не имеющими значения все продажи и уступки этого имущества, происшедшие в течение тридцати двух лет, протекших со дня его смерти. Это дело не было единственным: в Брешии долгое время почитался в народе святым ересиарх, но инквизиция доказала ошибку и приказала вырыть и сжечь его кости.
