Инквизиторы заявляли, что папские и императорские законы не исполняются и что они, ввиду их зависимости в денежном отношении от государства, не могут иметь при розыске и арестах еретиков достаточного числа людей, и поэтому ересь продолжает процветать в землях Венецианской республики. Николай IV просил дожа Петра Градениго изменить порядок. Но дож не внял его просьбе, а синьория не находила нужным уничтожать должность светских инквизиторов, установленную законодательством в 1249 г. В 1301 г. тревизский инквизитор решил положить этому конец. Он объявил трем ассистентам (коллегия из трех должностных лиц, выполнявших обязанности светских инквизиторов), что их начальником является только он один. Так как они не обратили внимания на его слова, то он отправился в Венецию и потребовал от дожа Градениго под угрозой отлучения от Церкви принести присягу на выполнение всех папских законов против ереси. Градениго отказался, заявив, что это было бы нарушением его присяги на верность конституции. Инквизитор взял свою угрозу обратно. Трое ассистентов продолжали по-прежнему отправлять свои обязанности. Их стали избирать из сенаторов, и они вели вместе с инквизитором все дела, подлежащие юрисдикции святого трибунала. По мере того как Венеция расширяла свои владения на континенте, эти обязанности во всех городах, подчиненных республике, исполняли губернаторы. К их помощи во всех делах по преследованию ереси обращался не только инквизитор, но и епископы.
Долгое и неумолимое преследование мало-помалу уничтожило секту катаров, которая в первой половине XIII в. казалась настолько сильной, что почти могла спорить с Римом за обладание Италией. Изгнанные из равнин Ломбардии и Центральной Италии, катары удалились в места менее доступные. В 1340 г. они были на Корсике; генерал францисканского ордена послал туда монахов, которым удалось на некоторое время уничтожить еретиков. В 1369 г. против них вели ожесточенную кампанию францисканцы. Преследуемые укрывались в лесах и горах; чтобы покорить их, устроили целую линию духовных крепостей под видом францисканских монастырей. На континенте катары, несмотря на бдительность инквизиции, продолжали существовать в Пьемонте. В 1388 г. удалось захватить одного из наиболее деятельных членов секты. В присутствии инквизитора и туринского епископа после повторной пытки еретик подтвердил существование в данной местности многочисленных колоний. Среди еретиков было много членов знатных фамилий. Катары поддерживали постоянные сношения с главным центром ереси в Боснии.
В 1388 г. два катара были сожжены в Турине. Катаризм быстро вымирал. Последнее достоверное известие о существовании его к западу от Адриатики относится к 1403 г., когда было открыто и мирно обращено много катаров, живших среди вальденцев. Остатки катаризма сохранялись еще среди вальденцев долины Савойи до 1451 г. Вальденцы Италии жили в мало доступных горах Пьемонта. Оттуда выходили эмигранты и даже целые колонии благодаря преследованию и вследствие недостатка средств к существованию увеличивавшегося населения. Благодаря более мягкому климату Неаполя и сравнительной снисходительности неаполитанской инквизиции, южные колонии сделались для секты главным центром, с которым еретики, поддерживали постоянные сношения. В 1387 г. их высшее духовное лицо жило в Апулии, и вождями вальденской общины в Пьемонте были два апулийца; и еще столетие после этого общины Коттийских Альп считали Южную Италию центром их Церкви. В 1292 г. были начаты преследования в Валь Пероза, и в 1312 г. много не раскаявшихся еретиков было сожжено в этих долинах. Но и в 1382 г. вальденская церковь Туринской епархии была в расцвете. Туринский инквизитор, попытавшийся ввести репрессии, вызвал вооруженное восстание. В Ангронье жители убили приходского священника, подозреваемого в доносе. Самому инквизитору пришлось выдержать осаду в замке, куда он с трудом скрылся. Однажды в руки провансальского инквизитора попал глава вальденцев. Папа приказал инквизитору выдать пленника туринскому инквизитору, чтобы под пыткой получить от вальденца указания для розыска и захвата других еретиков. Преследование шло своим чередом. По настоянию пьемонтского инквизитора в 1354 г. пьемонтский князь приказал графам Лузерны арестовать вальденцев в Лузерне и в соседних долинах. В 1363 и 1364 гг. Урбан IV сделал новую попытку привести еретиков к послушанию. Марсельский инквизитор напал на мятежников с запада, туринские инквизитор и епископ действовали на востоке. Амедею Савойскому предложили соединиться с сенешалем Прованса. Результатом этого соединенного нападения была масса арестов и процессов. Эти преследования заставили многих вальденцев принять участие в Савойской жакерии 1365 г., которая была жестоко подавлена.
Немного ранее 1375 г. инквизитор явился в Брикараке, местности глубоко зараженной ересью, и потребовал явки вальденцев пред его трибуналом; но еретики убили инквизитора. Такая же участь постигла и другого инквизитора. Григорий XI потребовал от Амедея VI Савойского очистить свои земли от опасных еретиков. Вальденцы Валь де Суз подверглись самому безжалостному преследованию. В одну рождественскую ночь вооруженный отряд напал на Пражелато и перебил всех попавшихся ему еретиков; ускользнувшие от его рук погибали от холода и голода. В числе жертв было пятьдесят женщин с грудными младенцами. Целый ряд инквизиторов, которых не остановила участь их предшественников, энергично действовал против вальденцев Пьемонта, но им не удалось покорить их, а только изгнать из родных долин и рассеять по всему Пьемонту. Инквизиция весной 1387 г. захватила жену одного из убийц инквизитора и подвергла ее пытке; но узнали от нее только, что муж ее умер в 1386 г., Других подозреваемых, также подвергшихся пытке, приговорили к ношению крестов, потому что у преследователей не было тюрем. Обвинения и доносы делались сотнями, страна кишела еретиками. Одним из первых захватили человека, ранее отрекшегося от ереси; подвергнутый пытке, он сознался, что продолжал быть еретиком; как рецидивист, он был 31 марта выдан в руки светских властей, и все его состояние перешло инквизиции. Но светские власти отказались исполнить приговор инквизитора. 19 мая инквизитор приказал сеньору Оцаско под угрозой штрафа в сто марок арестовать трех еретиков, но этот приказ не был исполнен. Неповиновение росло, в случае отказа сознаться арестованного не подвергали пытке и отпускали под залог.
Инквизитор 27 июня вызвал к себе двух подозреваемых в ереси. Они не явились, но 6 августа он отыскал их в Турине и арестовал. Арестованные бежали; инквизитор снова арестовал их и отвел в замок Авельяно. Он не мог подвергнуть их пытке и добиться сознания. Магистраты Авельяно подали жалобу графу Амедею, который приказал освободить узников, и инквизитору пришлось покориться. Он обратился ко всем гражданам Авельяно с обычным приглашением явиться к нему добровольно и сознаться в ереси или указать подозреваемых в ней. Девять дней он ждал, но никто не явился ни с самообвинением, ни с доносом, хотя было известно, что в окрестностях, в особенности в Коаццо и Вальджионе, было множество еретиков. В декабре инквизитор послал вызов всем должностным лицам Валь Пероз, одной из долин, населенных вальденцами, и объявил, что они, так как страна полна еретиков, должны явиться к нему в Пиньероль и снять этот позор с себя и со своих общин. Никто из вызванных не явился. Благодаря посредничеству канцлера Пьемонта и некоторых других придворных они согласились платить графу Амедею ежегодно земельный налог в размере ста флоринов, за что граф должен был запретить инквизитору действовать в Валь Пероз и разрешить жителям не являться по вызовам инквизиции. Инквизитор был вынужден покинуть Пиньероль и заняться обращением катаров, живших близ Турина; но раньше этого он объявил, что должностные лица Валь Пероз подлежат отлучению от Церкви и наказанию за неявку в суд. Этим он навлек только на себя гнев Амедея. Не большим успехом увенчалась попытка добиться того, чтобы инквизиция получила доходы от имущества, конфискованного у жителей Пражелато, осужденных провансальским инквизитором.
Пражелато в 1400 г. на Рождество подвергся нападению вооруженного отряда, пришедшего из Сузы. Жители, которым удалось избежать смерти или плена, бежали на высоты Валь Сан Мартино; многие из них погибли от морозов; когда отряд ушел, то оставшиеся в живых вернулись домой и нашли только одни развалины своих жилищ. Эти жестокости, совершенные с таким хладнокровием, возмутили даже Бонифация VIII, который приказал инквизитору сдерживать свое рвение.
В 1416 г. вышли новые декреты против вальденцев. Жители долины подняли восстание вследствие новых преследований. Между 1440 и 1450 гг. викарий инквизитора в течение одного расследования сжег в Кони двадцать еретиков-рецидивистов, имущество которых он конфисковал. Около 1457 г. инквизиторы явились в деревню Бернец и начали там розыск, вскоре прерванный. Тогда Амедей Савойский послал аббата монастыря С.-Пьеро окончить дело, и епископ оправдал многих обвиненных. После этого явился новый инквизитор, который снова пересмотрел дела и наложил разные наказания на оправданных аббатом.
