В 1289 г. Николай IV предавал еретиков анафеме и побуждал к более энергичной деятельности Инквизиторов Генуи, Ломбардии, Романии, Неаполя и Сицилии. Не оставляли в покое и мертвых: Герардо Флорентийский умер до 1250 г., а преследование против него было возбуждено только в 1313 г. Его многочисленные дети и внуки все были хорошими католиками, тем не менее они все были лишены наследства и ограничены в правах.
Много преследуемых бежало в Сардинию, но в 1285 г. остров был присоединен к Тосканской инквизиционной области, и инквизиторы явились туда за еретиками. В Неаполе смешанное население – сарацины и норманны – дало много последователей еретических учений. В 1235 г. было совершено нападение на доминиканский монастырь в Неаполе, Григорий IX приписал это друзьям еретиков. Хотя Фридрих II часто бывал вынужден в силу политических соображений издавать жестокие указы о преследовании и иногда применять их, но сам он не был настолько убежденным католиком, чтобы неустанно преследовать еретиков. Походы, предпринимавшиеся периодически, как, например, в 1231 г. под покровительством архиепископа Реджио, или нечто в роде светской инквизиции, учрежденной этим же прелатом в 1233 г., не были продолжительны. Катары, изгнанные из Лангедока, могли найти себе убежище не только в Ломбардии, но и в Калабрии и Абруццо. Наследник Фридриха II Манфред изгнал из своих владений тулузского епископа катаров и его учеников из Апулии, но иных репрессий он не проводил.
Карл Анжуйский, захватив королевство, приступил к введению инквизиции с 1269 г.; он заботился о вознаграждении и о расходах инквизиторов, настойчиво требовал, чтобы гражданские чиновники оказывали им помощь; каждый инквизитор получал указ, предоставлявший в его распоряжение все силы государства, и в Неаполитанской инквизиции не имелось недостатка в инквизиторах. Большинство этих инквизиторов было из доминиканцев; но один являлся францисканцем. В их распоряжение были отданы королевские тюрьмы, было приказано подвергать арестованных пытке по требованию инквизиторов. Подобный порядок существовал до 1305 г. Карл сам предпринимал походы против еретиков. Так 13 декабря 1269 г. он послал в Абруццо, где уже действовал инквизитор, рыцаря разыскивать и хватать еретиков и их соумышленников. Всем чиновникам было приказано оказывать ему всякое содействие. В августе 1269 г. Карл приказал схватить семьдесят восемь еретиков, открытых инквизитором, а 14 марта 1270 г. три еретика были сожжены в Беневенте. С 1269 г. инквизиторы Лангедока посылали в Неаполь своих агентов, уполномоченных преследовать бежавших туда еретиков; Карл приказал оказывать им помощь.
Однако относительная слабость Неаполитанской инквизиции привела к переселению вальденцев из Савойи на юг Италии в 1315 г. под предводительством одного знатного миланца. Им даже были заранее обеспечены некоторые льготы и предоставлены местности для поселения. Возникли деревни в Калабрии и в Апулии, которые регулярно посещались вальденскими священниками-миссионерами. Перейдя в 1282 г. в руки Петра III Арагонского, Сицилия проявляла крайне враждебное отношение к Святому Престолу, и поэтому здесь не было преследования. Папа Мартин V, приказывая в 1285 г. проповедовать крестовый поход против Петра III, ссылается на постоянный рост ереси на острове и на нежелание короля допускать сюда инквизиторов. В 1304 г. Бенедикт XI приказывал королю Фридриху принять инквизиторов, посланных в Сицилию, и оказывать им во всем содействие; однако папа не дал острову самостоятельного трибунала, а распространил на него юрисдикцию святого трибунала материка. Но инквизиция в Сицилии существовала только номинально, кроме времени борьбы с тамплиерами. Долго остров был безопасным убежищем для гонимых фратичелли. Много помог этой терпимости Арнальдо де Вилланова своими характеристиками королю Фридриху современных инквизиторов. Эти монахи, торгующие своим могуществом, были, по его словам, и дьявольским бичом; они в не думают трудиться над укреплением веры, скорее они плодят неверующих, всюду проявляя только злобу, хищность, лихоимство, и никто не думает осуждать или обуздывать их. В 1328 г. архиепископ Палермо арестовал одного фратичелли; сейчас же была послана жалоба Фридриху, а Иоанн XXII писал архиепископу, побуждая его уничтожить ересь, так как в это время инквизиция на острове бездействовала.
Венецианская республика всегда сохраняла свою автономию. Хотя она и составляла часть Тревизской Марки до ХIII в., крупной континентальной державой Венеция стала только в 1339 г. после приобретения Тревизо. В 1406 г. к ней присоединилась Падуя, затем Верона, Виченца, Фельтре, Беллуна и Брешия; в 1448 г. республика отняла Бергамо у миланских герцогов. Поэтому в отношении инквизиции венецианская политика имела влияние на всю Тревизскую Марку и даже на значительную часть Ломбардии. Эта политика подозрительно относилась ко всему, что могло дать папству предлог вмешаться во внутренние и во внешние дела синьории. Венеция не приняла участия в борьбе гвельфов и гибеллинов, и на нее не распространилось действие анафемы, произнесенной против Эццелино. Она была базою для крестового похода, предпринятого против этого подестата. Тем не менее республика не выразила готовности принять участие в уничтожении ереси, начатом Григорием IX и его преемниками. Статуты Фридриха II никогда не были внесены в кодекс синьории. В присяге на верность республике дожа (пожизненно избираемого главы Венеции) Джакопо Тиеполи в 1219 г. и в уголовном кодексе, изданном этим же дожем в 1232 г., нет упоминания о ереси и об уничтожении еретиков.
Правда, и здесь признали необходимым наказывать за ересь, но светские власти желали иметь в своих руках как светский, так и духовный суд. В присяге, принесенной в 1249 г. дожем Марино Морозини, имеется обещание назначить для розыска еретиков нескольких католиков, слывших людьми почтенными и рассудительными. Но все еретики должны быть выдаваемы архиепископу Градо или епископам венецианской области и не быть присуждаемы к костру без согласия Совета или большинства его членов. Это совсем не удовлетворяло пап. Буллою от 2 июня 1251 г. Иннокентий IV приказал двум инквизиторам отправиться в Венецию и начать там преследование еретиков. Но известно, что монахи не достигли ничего. В документе, помеченном 1256 г., сохранилась присяга преследовать еретиков и выдавать их не духовным судам, а дожу и магистратам; эта присяга была потребована от инквизиторов из белого духовенства, назначенных в 1249 г. В этом же документе есть оговорка, что смертная казнь, предусмотренная в 1249 г., уже отменена. Катары и ростовщики судились одинаково; наказание не было смертным, осужденный иностранец изгоняется из Венеции, но гражданин не должен быть изгнан. Смертная казнь была установлена позднее, около 1275 г.
Так как инквизиция становилась все более настойчивой по всей Ломбардии и в Марках, то преследуемые еретики искали себе убежища на венецианской территории, где надзор был менее строг. Напрасно около 1286 г. Гонорий IV посылал тревизского инквизитора потребовать от Республики внесения в ее законы постановления Фридриха II и пап против еретиков. Республика упорно отказывалась повиноваться. Наконец в 1288 г. папа Николай IV послал синьории приказ принять императорские и папские законы и потребовать от дожа присяги в том, что он будет содействовать тревизскому инквизитору. В случае неповиновения папа грозил городу духовными и светскими карами.
Республика решительно отказалась внести в свои статуты законы пап и императора, но 4 августа 1289 г. она приказала дожу Джованни Дандоло оказывать содействие инквизитору по первому его требованию, не испрашивая на то особого разрешения Совета. Было оговорено, что все штрафы и конфискации будут поступать в пользу Республики, которая взамен этого принимает на себя все расходы святого трибунала. Кроме издержек по аресту и содержанию еретиков, инквизитор еще получал ежемесячное жалование. Этот компромисс был принят 28 августа 1288 г. Николаем IV и включен в формулу присяги, которую принес следующий дож, Петр Градениго. Благодаря этому порядку инквизитору представлялась полная свобода уничтожать ересь, но в то же время он не мог злоупотреблять своей властью для вымогательства денег, а государство, оставляя за собою всю финансовую сторону дела, могло иметь за ним наблюдение.
Инквизиторы заявляли, что папские и императорские законы не исполняются и что они, ввиду их зависимости в денежном отношении от государства, не могут иметь при розыске и арестах еретиков достаточного числа людей, и поэтому ересь продолжает процветать в землях Венецианской республики. Николай IV просил дожа Петра Градениго изменить порядок. Но дож не внял его просьбе, а синьория не находила нужным уничтожать должность светских инквизиторов, установленную законодательством в 1249 г. В 1301 г. тревизский инквизитор решил положить этому конец. Он объявил трем ассистентам (коллегия из трех должностных лиц, выполнявших обязанности светских инквизиторов), что их начальником является только он один. Так как они не обратили внимания на его слова, то он отправился в Венецию и потребовал от дожа Градениго под угрозой отлучения от Церкви принести присягу на выполнение всех папских законов против ереси. Градениго отказался, заявив, что это было бы нарушением его присяги на верность конституции. Инквизитор взял свою угрозу обратно. Трое ассистентов продолжали по-прежнему отправлять свои обязанности. Их стали избирать из сенаторов, и они вели вместе с инквизитором все дела, подлежащие юрисдикции святого трибунала. По мере того как Венеция расширяла свои владения на континенте, эти обязанности во всех городах, подчиненных республике, исполняли губернаторы. К их помощи во всех делах по преследованию ереси обращался не только инквизитор, но и епископы.
