В 1416 г. вышли новые декреты против вальденцев. Жители долины подняли восстание вследствие новых преследований. Между 1440 и 1450 гг. викарий инквизитора в течение одного расследования сжег в Кони двадцать еретиков-рецидивистов, имущество которых он конфисковал. Около 1457 г. инквизиторы явились в деревню Бернец и начали там розыск, вскоре прерванный. Тогда Амедей Савойский послал аббата монастыря С.-Пьеро окончить дело, и епископ оправдал многих обвиненных. После этого явился новый инквизитор, который снова пересмотрел дела и наложил разные наказания на оправданных аббатом.
Герцог Амедей пытался убеждением привести заблудших в лоно Церкви; но после его смерти (1472 г.) его жена в 1475 г. предприняла против вальденцев настоящую войну с целью их окончательного истребления. Эдиктом 23 января 1476 г. все должностные лица зараженных ересью округов были предоставлены в распоряжение святого трибунала. Известно, что уже после 1484 г. с еретиками, рассеянными по долинам, поступали без всякого снисхождения; те же, кто жил в горах, уцелели, хотя и им пришлось много страдать от нападений сильных отрядов: В апреле 1487 г. генерал-инквизитор лично посетил зараженные округа и тщетно пытался убедить еретиков отречься от заблуждений: эти люди дерзко отвергли все духовные наказания, наложенные инквизитором, и перебили его слуг и разграбили его жилище.
Иннокентий назначил своим нунцием и комиссаром в Пьемонт и Дофинэ архидиакона Кремоны, поручив ему заставить население принять инквизитора, «дабы раздавить еретиков как ядовитых змей». С этой целью нунций был уполномочен проповедовать крестовый поход с обещанием его участникам полного отпущения грехов и лишать сана и должностей всех духовных и светских лиц, которые откажутся повиноваться ему. С февраля по май 1488 г. нунций посылал еретикам вызовы о явке к нему, а так как никто не явился, то он осудил их за неявку и выдал всех в руки светской власти.
Между тем во Франции и Пьемонте удалось собрать восьмитысячный отряд крестоносцев, которые двинулись четырьмя колоннами, чтобы закрыть все выходы. В Валь-Ангрон были уничтожены все крестоносцы. В 1490 г. герцог Карл I в Пиньероле заключил с победителями-вальденцами мир и подтвердил их привилегии. В долине По были открыты целые вальденские селения. Маркиза Салучи предоставила войска инквизитору Анджело Риччиардино. Несколько деревень подверглось нападению; большинству населения удалось бежать и скрыться в Лузерне, но некоторые попали в плен, и пять из них были 24 марта 1510 г. осуждены на костер. Снежная буря заставила отложить казнь, а ночью узникам удалось бежать; но инквизитор заменил бежавших тремя другими заключенными, которым он обещал снисхождение ввиду их сознания. Селения, покинутые жителями, были конфискованы и отданы добрым католикам; но так как беглецы время от времени спускались, убивали и грабили новых поселенцев, то скоро никто уже не смел селиться на их месте. Маркиза решила уступить. В 1512 г. за крупную сумму она позволила изгнанникам вернуться и жить спокойно. Это торжество веротерпимости было местное и непродолжительное.
Савойские статуты, изданные в 1513 г., содержат все статьи об истреблении ереси. В них приказывается всем должностным лицам во всем помогать инквизиции, издержки которой должны были покрываться конфискациями. Борьба еще не окончилась, когда в 1530 г. вальденцы вошли в открытые сношения со швейцарскими протестантами и слились, в конце концов, с кальвинистами.
Эти беспрестанные опустошения вызвали эмиграцию в Калабрию и Апулию, где братья преследуемых жили уже двести лет сравнительно спокойно. Так, например, значительная часть населения Фрейсиньера выселилась в долину Вольтурары. В XV в. инквизиция уже вполне распространилась на Неаполитанское королевство, и еретики стали выказывать верность католичеству. Они иногда присутствовали на обедне, крестили своих детей у священников и аккуратно платили десятинный налог, который рос из года в год благодаря трудолюбию земледельцев. Долины, некогда почти пустынные, были обращены в поля, пастбища, сады и виноградники. Дворяне, принявшие вальденцев на свои земли, охотно оказывали покровительство людям, которые увеличивали их доходы. Когда, одновременно с ростом могущества Арагонского королевского дома, кончилась феодальная независимость, еретики обратились в 1497 г. с просьбою к королю Фридриху, чтобы корона утвердила условия, заключенные некогда между ними и дворянами, и король удовлетворил их просьбу. Таким образом, они обеспечивали себе на долгое время мирное существование. Каждые два года их посещали странствующие пастыри. Они совершали путешествие под предлогом каких-либо дел; в каждом городе были общины вальденцев. Несмотря на бдительность духовенства, вся Италия была покрыта сетью ереси, скрывавшейся под обликом католичества. В 1497 г. депутаты Чешских Братьев нашли в самом Риме несколько своих единоверцев, которых они упрекали за то, что те скрывали свою веру. В 1530 г. в Калабрии насчитывали десять тысяч еретиков, в Венеции – шесть тысяч.
Целые поколения жили мирно, так что казалось, никогда более не вспыхнет борьба. Конечная судьба этих несчастных относится к эпохе Возрождения и к началу XVII в. Жестокая борьба против вальденцев в Савойе поддерживала деятельность святого трибунала. В Ломбардии инквизиция в 1318 г. проявила большую энергию в преследовании еретиков-лоллардов. Весьма возможно, что это были вальденцы, так как они, когда не могли более скрываться, бежали в Чехию, бросив жен с грудными детьми. Женщины были сожжены, а детей раздали добрым католикам, чтобы они воспитали их в истинной вере. В 1344 г. в Ломбардии было большое народное волнение. Современники утверждали, что много невинных пало жертвой инквизиции; даже императорский наместник просил Климента VI назначить расследование злоупотреблений инквизиторов. Эти случаи вызвали в 1346 г. убийство в Миланской провинции францисканца-инквизитора, известного своими преследованиями. В статутах миланских герцогов с 1343 по 1495 г. не упоминается ни об инквизиции, ни о наказании еретиков; но герцогский указ от 1388 г. предоставляет гражданских чиновников в распоряжение святого трибунала, однако для применения пытки, строгого тюремного заключения и вынесения окончательного приговора требовалось согласие епископа. Этот указ грозит наказанием инквизиторам, если они будут пользоваться своей властью для вымогательства денег и удовлетворения личной ненависти; инквизиторам строго предписывалось не злоупотреблять правом иметь вооруженных слуг и не увеличивать их числа без особой нужды. В эту эпоху политические страсти мешали работе инквизиции: например, один францисканец, около 1360 г. обвиненный в ереси инквизитором Пьяченцы, объявил, что единственной причиной его преследования было то, что он – гибеллин, и вызвал таким образом восстание в этом городе, где отношения партий были обострены, а сам, воспользовавшись этим, ускользнул от преследования.
Назначение инквизиторов продолжалось, и они, насколько могли, исполняли свои обязанности. Мартин V в 1417 г. назначил францисканца-обсервантина специальным инквизитором против еретиков Мантуи. С этого времени, когда необходимо было энергичнее действовать против ереси, уже не рассчитывали на обычный инквизиционный суд и назначали особыми декретами специальных инквизиторов. Вследствие потери инквизицией былого влияния в 1459 г. был публично поднят вопрос о действительности булл Иннокентия IV и Александра IV, разрешавших инквизиторам проповедовать крестовые походы против еретиков и преследовать как еретиков отдельные лица и целые общины по обвинению в обструкции; потребовалось новое подтверждение их со стороны Каликста III.
Доказательством падения авторитета ломбардской инквизиции является сделанное в 1515 г. Львом X заявление при назначении доминиканца инквизитором Брешии о том, что в течение десяти лет этот пост занимали иностранцы, не знающие местных законов и обычаев, и что граждане Брешии просили папу исправить эту ошибку. В эпоху процветания инквизиции инквизитор сам составлял законы для городов; если эти законы мешали его деятельности, то он или не считался с ними, или отменял их. В Венеции инквизиции никогда не удавалось освободиться от надзора и вмешательства светской власти. В 1356 г. тревизский инквизитор подверг тюремному заключению за вероотступничество много евреев, обращенных в христианство. Однако светские власти вмешались, запретили ему разбирать это дело, схватили его слуг и подвергли их пытке, обвиняя в вымогательстве денег у арестованных. Эти действия властей вызвали негодование Иннокентия IV. Но Республика стояла твердо. И раньше светская власть мешала действиям инквизиции, случалось, что синьория не обращала совершенно никакого внимания на инквизицию. Так, например, в 1365 г. Великий Совет рассматривал дело о хуле на Божью Матерь. Совет постановил передать обвиняемого на суд кастельского епископа и изгнать его, если его виновность будет установлена; таким образом, светская власть определяла наказание и признавала только епископскую юрисдикцию.
