К началу военных действий эпроновцы располагали в Мурманске спасательными судами «Память Руслана» и «Буревестник», морским быстроходным катером БМ-4, двумя морскими водолазными ботами и одним рейдовым; в Архангельске — спасательным судном «Совнарком», одним морским и одним рейдовым водолазными ботами.
В ходе войны АСС Северного флота постоянно росла и укреплялась и к окончанию боевых действий включала в себя 78-й аварийно-спасательный отряд в Печенге, 119-й аварийно-спасательный отряд в Петрозаводске, аварийно-спасательное отделение Беломорской флотилии, 79-й аварийно-спасательный отряд в Архангельске, 80-й аварийно-спасательный отряд в Иоканке. Плавучие средства пополнились спасательными буксирами «Мурман» и «Шквал», судоподъемными плавбазами «Герцен», «Бриз» и «Заря» (бывшие промысловые суда). Значительно возрос и понтонный парк.
Главные направления деятельности АСС Северного флота состояли в аварийно-спасательном обеспечении высадки морских десантов, повседневных боевых действий кораблей, проводки союзных конвоев, в подъеме затонувших судов и кораблей, выполнении работ по восстановлению гидротехнических сооружений.
Первым боевым заданием, порученным эпроновцам Заполярья, была буксировка отмобилизованными в состав ЭПРОНа рыболовными траулерами РТ-67 и РТ-32 подводных топливных емкостей из Мурманска в Иоканку. Суда, возглавляемые начальником штаба экспедиции А. И. Кулагиным, шли в сопровождении сторожевого корабля «Пассат».
Переход начался 13 июля 1941 года. В районе Гавриловских островов отряд подвергся нападению трех фашистских эсминцев. Силы были неравными — три крупных боевых корабля против одного СКР, имевшего две 45-миллиметровые пушки и два пулемета. Однако советские моряки не дрогнули. «Пассат», чтобы прикрыть охраняемые суда, поставил дымовую завесу и вступил в артиллерийский бой. Экипаж дрался на смерть. От многочисленных попаданий корабль затонул.
РТ-32 под прикрытием «Пассата» смог оторваться от эсминцев противника и выбросился на берег. РТ-67 сделать это не удалось: слишком значительны были повреждения. Траулер потерял ход, начал тонуть. А. И. Кулагин успел донести по радио штабу флота открытым текстом свои координаты. Уничтожив секретные документы, он приказал спустить на воду шлюпки и отходить от погружающегося судна.
Гитлеровцы решили уничтожить и шлюпки с людьми. Однако одной из них удалось уйти к берегу. Другая же, получив пробоины от осколков снарядов, наполнилась водой и держалась лишь за счет плавучести воздушных ящиков. Кулагин и другие находившиеся в ней моряки были ранены. Расстреливаемые огнем орудий главного калибра, обессиленные, но не сломленные, они пели «Интернационал». Через 7 часов рыбаки подобрали пятерых спасшихся вплавь краснофлотцев.
В этом бою смертью героя пал талантливый инженер ЭПРОНа В. М. Рогов.
Все оставшиеся в живых моряки за героизм и стойкость были удостоены высоких правительственных наград.
Героическими страницами в истории АСС Северного флота является аварийно-спасательное обеспечение высадки десантов в Мотовском заливе, в Печенге и Киркенесе, а также обеспечение проводки конвоев и межбазовых перевозок.
Особенно значительный объем спасательных работ был выполнен в 1942 году, когда воздействие противника на союзные конвои, следовавшие в советское Заполярье, было наиболее ожесточенным. Североморскими отрядами было спасено тогда 56 судов и боевых кораблей общим водоизмещением 208 690 тонн. Всего же за годы войны они спасли 209 единиц (497 670 тонн), из них 47 боевых кораблей, 50 вспомогательных судов, 34 судна союзников (309 052 тонн), 78 советских гражданских судов. За тот же период в Заполярье было поднято 173 судна и боевых корабля общим водоизмещением 85 410 тонн, а также 21 920 тонн оборонных грузов и продовольствия с затонувших и аварийных судов («Тбилиси», «Харматрис», «Стил Уоркер», «Тобрук», «Баллот» и других).
Деятельность АСС Тихоокеанского флота (начальник Н. А. Максимец, затем Г. Ф. Кроль и Н. Я. Яремко), несмотря на отдаленность от западного театра военных действий, также была интенсивной. Ее главное направление составляли спасательные операции на пути перевозок грузов между США и СССР в условиях противодействия японского флота. Особенно напряженный характер она приобрела с началом военных действий против Японии.
Внушительны итоги спасательных работ. За время войны было снято с мели 76 судов общим водоизмещением 156 180 тонн и оказана помощь 81 судну (289 710 тонн).
Для выполнения массового судоподъема в конце 1945 года в Сейсине, Гензане и Порт-Артуре были созданы аварийно-спасательные отряды. В ходе войны Совгаваньский отряд, оставив на месте выделенную из своего состава группу, передислоцировался в Оттомари (Сахалин). Две группы были сформированы на Курильских островах (на Рубецу и Катаока).
В Петропавловске-Камчатском, бухте Владимир и Николаевске-на-Амуре действовали отряды, созданные еще в 1942 году.
Аварийно-спасательная служба ТОФ за годы войны получила огромную практику выполнения в океане спасательных работ с широким использованием цемента для заделки пробоин, подводной сварки, дыропробивного пистолета и пластырей различных конфигураций, а для создания тяговых усилий — 20-, 40-, 60-тонных гиней. Ее костяк составляли такие замечательные специалисты, как Г. И. Агасиев, Г. И. Алексеев, И. К. Борисевич, П. Ф. Вишневский (Крысин), В. В. Галанов, И. М. Горбатов, В. Н. Григорьев, Ф. К. Задворный, А. П. Копотин, А. И. Кулагин, И. В. Лаптев, П. Д. Мацута, X. М. Макарон, П. Д. Попков, Г. Р. Рободзей, Г. И. Рывкин, А. Д. Свистунов, Н. К. Смирнов, В. И. Субботин, А. Б. Столпер, А. Н. Танцырев, Н. И. Хохлов, Н. Г. Щербаков, А. М. Ямпольский, И. А. Ярлыков и многие другие.
На Каспии активная боевая деятельность эпроновцев во главе с А. А. Кузнецовым (которого впоследствии сменил Б. В. Земсков) началась с осени 1942 года.
Во время боев за Сталинград и Кавказ немецкая авиация с целью нарушить снабжение фронтов и промышленности страны бакинской нефтью наносила многочисленные бомбовые удары по караванам нефтеналивных судов, следовавших из Баку. Одним из основных районов ее действия были Волго-Каспийский канал и внешний астраханский 12-футовый рейд, где производилась перекачка нефти с морских танкеров на речные баржи. Вражеским самолетам удалось потопить несколько барж и буксиров. В конце октября 1942 года от попаданий бомб загорелся и выскочил на бровку канала в 13 километрах ниже Искусственного острова буксирный пароход «Коминтерн».
Расчисткой фарватеров от потопленных судов занялись основные силы Астраханского и Бакинского отрядов, а также аварийно-спасательная группа из Махачкалы. По распоряжению заместителя наркома ВМФ эти подразделения были усилены водолазами и специалистами с других флотов.
Для выполнения судоподъемных работ в канале и на рейде Астраханский отряд сформировал две группы во главе с инженерами Михайловым и Портных. Третья группа была создана Бакинским отрядом.
Способ подъема барж сводился к изоляции поврежденных или разрушенных отсеков и откачке воды из уцелевших. Работы были организованы хорошо, и дело продвигалось быстро. Пока извлекалась с грунта одна баржа, обследовалась и готовилась к подъему другая. Трудности возникали во время подвижек льда: под его напором баржи порой относило на сотни метров от мест затопления. Несмотря на это, подъем судна занимал всего несколько дней.
В течение двух месяцев группа Г. Н. Михайлова извлекла на поверхность воды семь барж, буксир «Южный» и стянула с бровки канала буксирный пароход «Коминтерн». По четыре баржи подняли другие группы.
Зачастую работы велись под воздействием вражеской авиации. Презирая опасность, люди трудились без устали, проявляя смекалку и находчивость, умело руководили группами Михайлов и Портных, самоотверженно работали водолазный специалист Тульба, водолазы Мельников, Вландис, боцман Оханов и все остальные эпроновцы.
Всего за годы войны на Каспийском море и в Волго-Каспийском канале аварийно-спасательной службой Каспийской флотилии поднято 167 судов общим водоизмещением 143 тысячи тонн, снято с мели 74 судна (50 120 тонн), оказана помощь 103 судам (91 460 тонн), выполнены многочисленные подводно-технические работы.
На Волжской военной флотилии был создан Саратовский аварийно-спасательный отряд, действовавший на участке Астрахань — Саратов. В 1942 году из его состава под Сталинград была направлена группа во главе с водолазным специалистом А. А. Кузнецовым и инженерами Г. Н. Михайловым и Г. А. Левинсоном для обеспечения действий кораблей флотилии и речных судов, осуществлявших переброску на фронт подкреплений, оружия и боеприпасов, эвакуацию из Сталинграда раненых и населения. Перевозки проходили под интенсивным огнем противника. Например, бронекатер № 14 лишь в одном из рейсов 18 октября получил около 100 пробоин.
